İstanbul Üniversitesi| Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü

Botanik Anabilim Dalımızdaki iklimlendirme alanları bitkilerin ihtiyacı olan nem, sıcaklık, ışık isteklerini zaman ayarlı olarak yapılabilen, bunun yanı sıra ortamdaki CO2, N ve etilen seviyesinin kontrol edilebildiği bilgisayar program kontrollü odalardır. Bitki yetiştirme odaları Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalı bünyesinde önceden bulunan ve araştırıcılar tarafından kullanılan odalardı. Ancak İstanbul Üniversitesi destekli ciddi bir alt yapı çalışması sonucunda Anabilim Dalımızda bu odalar tamamen baştan kurgulanarak ihtiyacımıza göre çağın gerektirdiği özelliklere sahip modern bir görünüm kazanmıştır. Anabilim Dalımızda 2012 yılında kullanıma açılan bilgisayar kontrollü bu odalarda araştırmalarımız doğrultusunda aktif olarak bitkiler toprak ya da su kültürü sistemlerinde yetiştirilmektedir.

Her türlü bitki ile deney yapmaya imkan veren bitki yetiştirme odalarında, gece ve gündüz için ayrı ayrı sıcaklık değerleri ± 1 °C hassasiyet ile, otomatik kontrollü nem vericiler sayesinde istenilen nem oranı ortam sıcaklığına bağlı olarak %20-90 arasında sağlanabilmektedir. Ayrıca raflı sistem katlı olarak uygulanabildiği gibi, hidrolik mantığıyla çalışan tek tabla ile de yapılabilmektedir. Gün ışığı olmadan yapay ortamda iklimlendirmede ışık şiddeti ve dalga boyu son derece önemlidir. Bu nedenle bu odalarda bitkilerin fotosentez için gereksinim duyduğu ışık miktar ve niteliğine göre firmalar tarafından üretilen lambalar kullanılmaktadır. Işıklandırmada olduğu gibi tohum çimlenmesi, sürgün verme, çiçeklenme ve meyve zamanlarında sıcaklık isteklerine göre iklim odalarında ısı ayarlamaları da yapılabilmektedir. Botanik Anabilim Dalında bitkilerle yapılalabilecek hertürlü çalışmanın birinci adımı olan bitki yetiştirilmesinde, ihtiyaç duyulan kontrollü koşullarda hizmet veren bu odalar bitki fizyolojisi, ekoloji, ekofizyoloji, bitki büyüme ve gelişmesi, bitki metabolizması, bitki biyoteknolojisi gibi çok yönlü çalışma disiplinlerinde rutin olarak kullanılmaktadır.

İlgili Öğretim Üye ve elemanları

Prof.Dr.Gül Cevahir Öz
Yard.Doç.Dr. Ergül Çetin
Araş.Gör. Dr. Hakan Özden
Araş.Gör. Dr. Nihal Gören-Sağlam

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Botanik Anabilim Dalı 34460 Süleymaniye / İstanbul

E-posta: cevahirg@istanbul.edu.tr, ergulc@istanbul.edu.tr, ozdenh@istanbul.edu.tr

Telefon: 0212 455 57 00 / 26808

İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalı bünyesinde, gerek dünyada ve gerekse ülkemizde moleküler biyoloji ve genetik alanında yaşanan gelişmelere paralel olarak, Bitki Biyoteknolojisi ve GDO (Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar) Laboratuvarının kurulması fikri doğmuştur. Bu fikir 2010 yılında İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiş güdümlü proje ile gerekli aletlerin alımı ile hayatiyet kazanmıştır. Yine üniversitemiz destekli ciddi bir alt yapı çalışması sonucunda hazır duruma getirilen laboratuvarda aletler 2012 yılında kurularak alanında benzer laboratuvarlarla rekabet edebilecek modern bir görünüme bürünmüştür. Sahip olduğu altyapı ile laboratuvarımızda kuruluş amacına uygun olarak 2012 yılında bilimsel çalışmalara, ulusal ortaklı lisansüstü tezlere bağlı araştırmalara başlanmış ve aktif olarak devam etmektedir. Bitki biyoteknolojisi ve GDO laboratuvarı bundan sonra yapılması planlanan araştırma projeleri ile de üniversitemizde ve ülkemizde yapılmakta olan bitki biyoteknolojisi çalışmalarına önemli katkılar sağlayacaktır. Ayrıca bu laboratuar alanında iyi yetişmiş araştırmacıların yetişmesine, ulusal ve uluslararası işbirliklerinin geliştirilmesine ve kaliteli yayınların üretilmesine hizmet verecektir.

Genetik mühendisliğinin rekombinant DNA teknolojisi tekniklerini kullanarak yaptığı müdahalelerle kalıtımsal değişikliğe uğrattığı organizmalar günümüzde, GMO (genetically modified organism) ya da GDO (genetiği değiştirilmiş organizmalar) olarak ifade edilmektedir. GDO, canlıların sahip olduğu gen dizilimleriyle oynanarak, mevcut özelliklerinin değiştirilmesi veya canlılara yeni özellikler kazandırılması ile elde edilen organizmalara verilen isimdir. Laboratuvarımızda PCR tekniğine dayalı yöntem ile işlenmiş ve işlenmemiş genetiği değistirilmis ürünlerin kalitatif ve kantitatif analizleri lisansüstü tez kapsamında çalışılmaya başlanmıştır.

Laboratuarımız içerisinde moleküler biyoloji çalışmalarını yürütmek üzere 3 farklı odadan oluşan biyogüvenlik kabini ve kabin içerisinde steril bir ortam bulunmaktadır. Laboratuvarın ana cihazı olan Real-time reverse-transcriptase (RT-PCR) DNA ve RNA düzeyinde yapılan moleküler genetik çalışmalarda özellikle belirli gen bölgelerinin çoğaltılması, işlevsel genlerin kantitatif tayini, gen ekspresyonunun belirlenmesi ve spesifik genlerinin analizi aşamasında kullanılmaktadır. Bilinen yöntemler içerisinde en pratik, güvenilir ve hassas sonuçlar elde edilmesini sağlayan RT-PCR Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarında bulunması gereken önemli aletlerden biridir. Ancak bunun dışında bitki moleküler biyolojisi tekniklerinde kullanılan ve moleküler analiz laboratuavlarında bulunması gereken tüm cihazlar da bu laboratuvarın kullanılan aletleri arasındadır.

Gerçek zamanlı kantitatif PCR nükleik asitlerin miktarlarının belirlenmesinde günümüzde kullanılan bir metotdur. Bu teknoloji “kinetic PCR” ve “homogenous PCR” isimleriyle de tarif edilmektedir. “Real-time PCR”da oluşan ürün miktarı reaksiyon boyunca oluşan ürün miktarıyla orantılı olarak artan floresan boya ve probların verdiği sinyalin izlenmesiyle anlaşılır ve amplifikasyonun devir sayısı belirli miktardaki DNA moleküllerinin elde edilmesi açısında da gereklidir. Çift zincirli DNA’ya bağlanan“SYBR-Green I” floresan boya en basit metotdur. “SYBR-Green I” boya ile belirleme çok iyi işleyen bir metotdur fakat reaksiyon ortamında herhangi bir çift zincirli DNA bulunduğunda floresan ışıma yapabilir.

BİTKİ BİYOTEKNOLOJİSİ VE GDO LABORATUVAR OLANAKLARI

Real-time reverse-transcriptase (RT-PCR)

Jel Elektroforez Sistemleri
Jel Görüntüleme Sistemi
Nanodrop Spektrofotometresi
Elektroporasyon Cihazı
Sonikatör
-86 Derin dondurucu
Buzdolabı
Sıvı Azot tankı

Araştırma Grubu

Prof.Dr. Gül Cevahir Öz/
Araş.Gör.Dr. Elif Yüzbaşıoğlu
Biyolog Dr.Eda Dalyan

Lisansüstü öğrenciler: Kadir Boztaş, Yusuf Can Gerçek, Selin Şükran Acar, Yiğit Sabri Ünal

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Botanik Anabilim Dalı 34460 Süleymaniye / İstanbul

E-posta: cevahirg@istabul.edu.tr, aytamka@istanbul.edu.tr

Telefon: Telefon: 0212 455 57 00 / 26808

Bitki Doku Kültürü Laboratuvarı Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalı bünyesinde 2006 yılında faaliyetlerine başlamıştır. Ancak İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiş güdümlü proje ile yeni aletlerin alımı 2010 yılında tamamlanarak modern bir görünüme sahip olmuştur. Laboratuvar çalışmaları 2006 yılından itibaren sürmekle birlikte proje kapsamında gelen aletler ile yeniden düzenlenerek araştırmalar ivme kazanmıştır.

Ön hazırlık odası, steril çalışmaların yapıldığı transfer odası ve ışık-sıcaklık ayarlı büyüme kabininin bulunduğu doku kültürü laboratuvarı alanında yetişmiş araştırıcılaryla benzer laboratuvarlar ile rekabet edecek düzeydedir. Bitki Doku Kültürü Laboratuvarının kuruluş amaçları arasında, çeşitli bilimsel araştırma faaliyetlerinde bulunmak, süs bitkileri, tıbbi aromatik bitkiler, endemik ya da koruma altına alınan bitkiler ile bitkisel genetik kaynakların kültüre alınması gibi ülkemizin öncelikleri doğrultusunda optimizasyon çalışmalarını gerçekleştirmektir. Bu laboratuvar lisansüstü eğitimde temel ve uygulamalı araştırmalar yapılmasına, biyoteknoloji gibi yeni teknik ve teknolojileri kullanarak alanında yeterli donanıma sahip, yeni gelişmelere uyum sağlayabilecek, nitelikli öğretim üyeleri yetiştirilmesine olanak sağlamaktadır. Ülkemizde ihtiyaç duyulan atılımın gerçekleşmesi doğrultusunda alanındaki gelişmelere, yeniliklere katkıda bulunmak ve öncülük etmek, üniversite-sanayi işbirliklerini oluşturmak için genç bilim insanlarına fırsat sunmaktadır. Ayrıca ulusal ve uluslararası kuruluşlarla sıkı iletişim ağları kurarak nitelikli araştırmalar yapmak, faaliyetler gerçekleştirmek stratejik amaçları arasındadır.

Bitkilerde uygulanan biyoteknolojik yöntemlerden biri olan in vitro bitki doku kültürü; aseptik koşullarda, yapay besi ortamında, tüm bir bitki, hücre (meristematik hücreler ya da kallus hücreleri), doku (çeşitli bitki kısımları=eksplant) ve organ (apikal meristem, kök vb.) gibi bitki kısımlarından kontrollü çevre şartlarında yeni doku, organ, bitki ya da bitkisel ürünlerin (metabolitler) üretilmesidir. Laboratuarımızda çeşitli in vitro kültür yöntemleri test edilmekte bu suretle hızlı çoğaltım, gen kaynağı muhafazası, sekonder metabolitlerin üretimi, kaybolmakta olan türlerin korunması ve çoğaltılması zor olan türlerin üretimi gibi hedef konular üzerine yoğunlaşmıştır. Bitki Biyoteknolojisi çalışmalarında aracı bir yöntem olarak sıklıkla başvurulan in vitro kültür yöntemleri multidisipliner çalışmalara da imkan sağlamaktadır.

Bitki doku kültürü laboratuvarı ayrıca palinoloji ile ilgili yapılacak çalışmalara da olanak sağlamaktadır. Polen, çiçeklerin erkek organlarınca üretilip, döllenmede rol alarak neslin devamını sağlayan erkek cinsiyet hücreleri olup bitkiler için hayati bir rol üstlenmekle birlikte kimyasal içeriği sayesinde sağlık, ilaç, gıda, tarım ve kozmetik sektörlerinde de önemli potansiyele sahiptir. Ülkemizde satışa sunulan polenleri arı polenleri oluşturmaktadır. Laboratuvarımızda doğal ortamlarından toplanan saf polenler uygun koşullarda saklanmakta, polen preparat koleksiyonu çalışmaları devam etmektedir.

BİTKİ DOKU KÜLTÜRÜ VE PALİNOLOJİ LABORATUVAR OLANAKLARI

Laminar hava akışlı kabin

Otoklav, etüv

Sterilizatör

Orbital çalkalayıcı

Bitki büyüme dolabı

Araştırma Grubu

Doç. Dr. Aliye Aras Perk

Araş.Gör.Dr. Elif Yüzbaşıoğlu

Araş.Gör. Mevzule Yazgan

Lisansüstü öğrenciler: Müge Bozkır, Kadir Boztaş, Yusuf Can Gerçek, Tuğçe Erürker

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Botanik Anabilim Dalı 34460 Süleymeniye / İstanbul

E-posta: cevahirg@istabul.edu.tr, aliyeperk@yahoo.com, aytamka@istanbul.edu.tr

Telefon: Telefon: 0212 455 57 00 / 26808

BİTKİ DOKU KÜLTÜRÜ VE PALİNOLOJİ LABORATUVAR OLANAKLARI

Laminar hava akışlı kabin

Otoklav, etüv

Sterilizatör

Orbital çalkalayıcı

Bitki büyüme dolabı

Araştırma Grubu

Prof.Dr. Gül Cevahir Öz

Doç. Dr. Aliye Aras Perk

Araş.Gör.Dr. Elif Yüzbaşıoğlu

Araş.Gör. Mevzule Yazgan

Lisansüstü öğrenciler: Müge Bozkır, Kadir Boztaş, Yusuf Can Gerçek, Tuğçe Erürker

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Botanik Anabilim Dalı 34460 Süleymeniye / İstanbul

E-posta: cevahirg@istabul.edu.tr, aliyeperk@yahoo.com, aytamka@istanbul.edu.tr

Telefon: Telefon: 0212 455 57 00 / 26808

Çevre ve Enstrümental Analiz Laboratuvarı, Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Botanik Anabilim Dalı bünyesinde İ.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenen güdümlü proje ile kurulmuştur.

Çevre ve Enstrümental Analiz Laboratuvarının kuruluş amacı, araştırmalarını benzer alanlarda sürdüren birçok kurum ve laboratuvarla rekabeti sağlayacak ileri düzeyde araştırmalar yürütebilmek, konusunda iyi donanımlı gençler yetiştirebilmek, üniversitelerarası işbirliklerinin yanı sıra, uluslar arası ortak projelerin ve sanayi işbirliklerinin artırılmasını sağlamaktadır.

Laboratuvar alt yapısının yenilenmesi ve cihazlarla ilgili eğitimlerin verilmesinin ardından bilimsel çalışmalara başlanmıştır. 2012 yılı itibariyle kullanıma açılan ilk cihaz olan ICP-OES ile ulusal ve uluslar arası ortak projeler, ulusal ve uluslar arası ortaklı lisansüstü tezleri de kapsayan araştırmalar aktif olarak devam etmektedir.

ICP-OES (Inductively Coupled Plasma-Optical Emission Spectrophotometry) ile bitki, toprak, su ve sediment örneklerindeki toplam element miktarı ppm veya ppb düzeylerinde belirlenmektedir. Çevre kirlenmesi, metal birikimi ve fitoremediasyona yönelik araştırmalarda büyük önem taşıyan analizler gerçekleştirilebilmektedir. Kirlenme nedeniyle çevrede toksik değerlerde bulunan elementlerin yanı sıra tarım ve bahçecilikte önemli yer tutan bazı elementlerin eksikliğinin de saptanabilmesi mümkün olmaktadır. Yaklaşık 25 farklı element ölçümü yapılabilmektedir.

Ultra Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (UHPLC) ile geniş çaplı moleküler analiz ve saflaştırmalar yapılabilmektedir. Bir sıvıda çözünmüş ayrılacak bileşenler, bir kolon .jpg" target="_blank" bulunan genellikle katı bir destek üzerindeki sabit faz ile farklı etkileşmelere girerek, kolon içinde değişik hızlarda ilerler. Kolonu değişik zamanlarda terkederler ve böylece birbirlerinden ayrılırlar. Ayrılan bileşik, kolon çıkışına bağlanan uygun bir dedektörle tesbit edilip miktarıyla orantılı olarak kaydedilir. Peptid ve proteinlerin karakterizasyonu, amino asit, vitamin gibi moleküllerin farklı sıvı fazlarda ayrılarak belirlenmesi, pestisit ve polisiklik aromatik bileşikler gibi kirleticilerin tayininde öncü teknik olarak kullanılmaktadır.

Gaz Kromatografi Kütle Spektrometresi (GC-MS), ile ekstraksiyon haline getirilmiş ve gerekli fraksiyonlama işlemleri yapılmış örneklerin (bitki, toprak gibi) uygun ortam içerisine alınarak yağ asitleri gibi çeşitli kimyasal bileşikler ile miktarlarının belirlenmesinde kullanılmaktadır. Gaz kromatografisi, fiziksel ve kimyasal özelliklerdeki farklardan yararlanarak bir karışımı oluşturan bileşiklerin birbirinden ayrılmasıdır. GC ile yapılan ayırımda, bileşiklerin kolondaki alıkonma zamanlarına (Retantion Time) göre kalitatif tayin yapılabilmektedir. Pik yüksekliği veya pik alanlarına göre de kantitatif tayin yapılmaktadır. Günümüzde kütle spektrometreleri, polipeptitlerin, proteinlerin ve diğer yüksek molekül ağırlıklı biyopolimerlerin aydınlatılmasında kullanılmaktadır.

Yağ Ekstraksiyon Cihazı, bitki dokularındaki yağların elde edilmesinde ve PCB, dioksinler ile polisiklik aromatik hidrokarbonlar ve organik kökenli kirleticilerin, bitki ve yetiştirme ortamları (su ve toprak) üzerine olan etkisini belirlemek üzere yapılan araştırmalarda ilk adım olan ekstraksiyon aşamasının yapılabilmesinde kullanılır.

Paralel Buharlaştırma, Vakum Pompası ve Kontrol Ünitesi, ekstraksiyonu yapılan örneklerin (bitki, su ve toprak gibi) çözücü ortamlarının uzaklaştırılmasında ve elde edilmesi istenen numunelerin kurutularak gerekli olan saklama ortamlarına alınmasında kullanılmaktadır.

Ultra saf su sistemi, tüm çalışmalarda kullanılmak üzere, amaca yönelik yeterli saflık derecesinde su üretebilecek, günümüz teknolojisine sahip deiyonize ve ultrapure su sistemidir.

Laboratuvarımızda Çevre, Ekoloji, Fizyoloji, Biyokimya ve Moleküler Biyoloji alanlarını kapsayan disiplinler arası çalışmalar yürütülebilmektedir.

Çevre ve Enstrümental Analiz Laboratuvar Olanakları:

PERKIN-ELMER, ICP-OES OPTIMA 7000 DV (Inductively Coupled Plasma-Optical Emission Spectrophotometry)

BERGHOF, Speed Wave MWS – 4+ (Microwave Oven System)

PERKIN-ELMER, UHPLC

AGILENT, GC-MS

SOXHLET,

ULTRA SAF CİHAZI

Araştırma grupları:

Doç. Dr. Gülriz Bayçu Kahyaoğlu
Araş. Gör. Dr. Hakan Özden
Uzman Araş. Gör. Istvan Csatari

Lisansüstü öğrencileri: Tuğçe Ağba, Selin Bülbül, Seda Karadağ, Nurbir Gevrek, Yusuf Can Gerçek, Kadir Boztaş, Nesrin Ecem, Dilara Maytalman

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Botanik Anabilim Dalı 34460 Süleymaniye / İstanbul

E-posta: cevahirg@istanbul.edu.tr, gbaycu@gmail.com

Telefon: 0212 455 57 00 / 26808

Moleküler analiz laboratuvarları, Botanik Anabilim dalı bünyesinde daha önceden mevcut olan laboratuvarların altyapısını geliştirmek amacıyla 2010 yılında, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenen güdümlü proje kapsamında kurulmuş, yeni cihaz ve alt yapı yatırımlarıyla daha donanımla hale getirilerek 2012 yılından itibaren, bilimsel araştırma, lisansüstü eğitim ve analiz çalışmalarına başlanmıştır.

Moleküler analiz laboratuvarlarının kuruluş amacı, modern metodlar ve cihazlar kullanarak, nitelikli bilimsel araştırmalar yapmak, lisans üstü öğrenciler yetiştirmek, akademik bilgi üretimi ile ülkemiz için önem taşıyan üniversite –sanayi işbirlikleri kapsamında innovasyon, yeni ürün, patent çalışmalarına katkı sağlamaktır.

Bu kapsamda laboratuvarlar, deneysel materyallerin çeşitli araştırma metodlarına uygun olarak hazırlanıp analiz edilmesine hizmet veren, fitokimyasal, fizyolojik, ekolojik, sistematik, proteomik ve genomik çalışmaların yürütüldüğü, uluslar arası kabul gören standart metodların uygulanıp, araştırma çalışmaları ve rütin analizlerin yapılabildiği, modern teknoloji ürünü çok sayıda cihaz ve ekipmanla donatılmıştır. Ülkemiz için önem taşıyan gıda, bitki gen kaynakları, tarımsal ürünler, besin destekleri, fonksiyonel gıdalar, fitoterapötik maddeler, doğal kozmetik ürünler konusunda çeşitli araştırma projeleri ile, bitki materyallerinden DNA, RNA ve protein izolasyonları, DNA, RNA ve proteinlerin spektrofotometrik tayini, Southern, Northern ve Western blotlama, protein ve nükleik asitlerin jel elektroforezleri ve görüntülenmesi, bitkisel materyalden uçucu ve sabit yağ ekstraksiyonu, gaz kromatografisi ve HPLC analizleri için örnek hazırlama, antioksidan enzimlerin aktivite tayini, klorofil ve diğer fotosentetik pigmentler, poliaminler, fenolikler ve çeşitli fitokimyasal maddelerin spektrofotometrik analizleri bu laboratuvarlar bünyesinde gerçekleştirilebilmektedir.

MOLEKÜLER ANALİZ LABORATUVARLARININ OLANAKLARI

ELGA REZERVOIR, Deiyonize su sistemi; reçine kullanılarak iyon değişiminin sağlandığı ve pratik olarak su içindeki tüm iyonların alındığı sistemlerdir. Deiyonizasyon işleminde su önce katyonik reçine yatağından geçirilerek pozitif yüklü iyonlar hidrojen iyonları ile daha sonra anyonik reçine yatağından geçirilerek negatif yüklü iyonlar hidroksit iyonları ile yer değiştirir ve su içindeki tüm iyonlar alınmış olur. Deiyonize su fitokimyasallar, ilaç, kimyasal ve kozmetik sanayinde, sağlık ve gıda sektöründe, yüksek basınçlı buhar kazanlarında, matbaacılıkta, elektronik endüstrisinde, su analiz laboratuarlarında, tekstil endüstrisinde, enerji santrallerinde ve yaygın olarak kullanılmaktadır. Yüksek teknolojili analitik cihazların kullanıldığı çeşitli deneysel araştırmalarda deiyonize suyun kullanılması gereklidir.KALE BUZZBAR, buz makinası; Düşük ısıda bozulan materyalin buz içerisinde saklanması amacıyla kullanılmaktadır.

ULTRA-TURRAX Homojenizatör; Bitkisel materyalin öğütülmesi, karıştırılması, dispersiyon haline getirilmesi amacıyla kullanılır, 500-10.000 rpm hız aralığına sahiptir.

HERAEUS Etüv; Çimlendirme, kurutma, sterilizasyon çalışmalarında kullanılır.

HERAEUS OVEN – Thermo Scientific; 300 ̊C’ye kadar çıkabilen etüv çimlendirme, kurutma, sterilizasyon çalışmalarında, yüksek sıcaklıklarda materyallerin sterilizasyonunda kullanılır.

LICOR Fotosentez tayin cihazı; çeşitli fotosentez deneylerinde, karbondioksit asimilasyonu ve klorofilin floresan ölçümünde kullanılmaktadır.

GRANT-QBA2 Termal Isıtıcı; Solüsyonların hazırlanmasında kullanlır.

TERMAL MİKSER & ISI, hot plate ısıtıcı karıştırıcı; materyalin istenilen sürede ve istenilen sıcaklıkta tutulması sağlanırken, manyetik alan oluşturarak maddenin karışmasına da yardımcı olur.

IKA RCT Standart, hot plate karıştırıcı; Deneysel solüsyonların karıştırılarak hazırlanmasında kullanılır.

INFOLAB WTW pH metre; çeşitli solüsyonların asitlik düzeylerinin tayininde kullanılır.

WISEMIX UM-10 karıştırıcı; Çözeltilerin çözünürlüğünü artırmak için karıştırılması amacıyla kullanılır.

EC135-90 Elektroforez cihazı; DNA, RNA ve protein moleküllerinin elektroforetik analizlerinde kullanılır. Yüklü moleküllerin bir elektrik alanı içinde yürütülerek ayrıştırılması prensibine dayanır.

THERMO SCIENTIFIC NANODROP 2000 Specttrophotometer; RNA, DNA ve prteinler gibi çeşitli moleküllerin miktar tayini ve saflığın değerlendirilmesi analizlerinde kullanılır. Dilusyon gerektirmeyen çok yoğun örneklerde ve geniş konsantrasyon bandında, 0.5-2 mikrolitre örnek uygulamasıyla, 5 saniyeden daha az bir süre içerisinde hızlı ölçüm sağlayan, bütün spektrumlarda sonuç verebilen, çeşitli metodları içeren ve veri aktarımını sağlayan yazılım ile desteklenmiş bir sistemdir.

FAGUS Çeker ocak; Asitli çözeltilerin hazırlanmasında, zararlı buharın atılması amacıyla kullanılır.

ARÇELİK No-frost buzdolabı

PERKIN ELMER GELIANCE 200 Imaging System; Elektrforezde analizi yapılan protein ve nükleik asitlerin bant profillerinin incelendiği jel görüntüleme sistemidir. Geleneksel jel verilerinden güçlü kemiluminesans ve 2-D protein jel görüntü ve analizlerinin yapıldığı, 1.4 milyon piksel çözünürlüğe sahip, yüksek performanslı bir biyogörüntüleme sistemi olarak bütün floresan ve kemiluminesans uygulamalarda kullanılabilen, ethidium bromide, coomassie blue, silver stain, fluorescein, SYBR®Gold v.b. boyaları algılayabilen, Jeldeki DNA, RNA, Protein v.b. bantların görüntülenmesinde, DNA veya protein makroarrey gibi deneylerde yararlanılabilen bir cihaz olup, verilerin toplanması ve analizinde kullanılan işlevsel bir yazılıma sahiptir.

DENVER INSTRUMENT SI-234; Hassas terazi

SARTORIUS Hassas teraziler

SARTORIUS Dijital teraziler

SMEG Bulaşık makinası.

SIGMA 3-30K Ultrasantrifüj; 30.000 rpm düzeyinde araştırılan materyalin santrifüjü yapılabilir.

EPPENDORF CENTRIFUGE 5417R; 14.000 rpm’de soğutma gerektiren santrifüj çalışmalarında kullanılır.

NUVE NF200 Soğutmasız santrifüj.

HERAEUS INSTRUMENTS; 10.000 rpm’de soğutmalı santrifüj

UV-1601 SHIMADZU UV-Visible Spectromether; çeşitli antioksidan enzimler, proteinler, klorofil, pigmentler gibi moleküllerin analizinde kullanılır.

RF-5000 Spectrofluorophotometer SHIMADZU; Poliaminler, petrol hidrokarbonları v.b. analizinde kullanılır.

NUVE çalkalamalı benmari; sıcak su banyosu olarak çeşitli sıcaklıklardaki inkübasyonlarda kullanılır.

ARÇELİK No-frost buz dolapları ve derin dondurucu; Çeşitli bitkisel materyaller ile DNA, RNA v.b. örneklerin saklanması amacıyla kullanılır.

ARISTON Deep-Freeze.

WISE BATH Sıcak su banyosu.

MagNA Lyser; DNA ve RNA ekstraksiyon cihazı; çeşitli materyallerden nükleik asitlerin izolasyonu çalışmalarında kullanılır. Nükleik Asit ve proteinlerin saflaştırılması, ekstraksiyonu veya analizi öncesinde numunelerin homojenize edilmesini sağlayarak daha sonraki aşamalarda yapılacak işlemleri kolaylaştırır. Her türlü biyolojik materyalin, çeşitli hücre ve dokuların parçalanması ve homojenize edilmesinde kullanılır. MagNA Lyser, içinde seramik boncukların bulunduğu “MagNA Lyser Green Beads” tüplerinin içindeki numuneler, cihazın çalışma sırasında yaptığı osilasyon hareketi ile parçalanarak homojen hale getirilir. Kullanılan materyalin özelliğine göre, farklı süre ve hız bilgilerinin cihaza girilmesiyle, farklı materyallerden etkin bir homojenizasyon yapılabilmektedir.

HEIDOLPH Evaporatör; bitkisel ekstrelerin hazırlandığı solventlerin uzaklaştırılmasında kullanılır. Standart distilasyondan, kompleks uygulamalara ve hatta otomatik distilasyona kadar pek çok durum için kullanılabilirler. Aşırı ısınmayı engelleyen dizayn sayesinde su banyosunun kuruması engellenir, kablolu uzaktan kumanda ile çeker ocak dışından kolay kullanıma sahip olup, vakum pompası, vakum kontrolü, ısı sensörü ve buhar tübü sistemine sahiptir. HEIDOLPH rotary evaporatör, standart distilasyon, kristalizasyon, ürün konsantrasyonu, toz kurutma, bir ya da çok sayıda solventin ayırımı amacıyla kullanılmaktadır.

WISETIS Homojenizatör; bitkisel materyalin toz haline getirilmesinde kullanılır.

CHRIST ALPHA 1-2 LD plus Freeze-dryer liyafilizatör; donmuş biyolojik materyalden suyun ekstraksiyonu için kullanılır. Kurutma prosesinde -10 ̊C’nin altında ve vakum etkisiyle suyun buz formundan su formuna dönüşümüne izin vermeksizin doğrudan buhar fazına geçişi sağlanır. Suda kolay çözünebilen maddeleri elde etmek amacıyla kullanılır. Bu işlem ile kimyasal maddelerin çoğu kalitatif ve kantitatif olarak değişmeden kalabilir. Hatta denatüre olmayacak proteinler bile bu yöntemle kurutulabilir. bitkisel materyalin liyafilizasyonunda kullanılır. Biyolojik kökenli materyaller arasında çeşitli dokular, doku ekstraktları, bakteriler ve aşılar gibi bir çok materyal kurutulmuş toz formuna dönüştürülebilir. Proses esnasında enzimatik ve kimyasal değişiklikler meydana gelmez. Liyofilizasyon duyarlı dokuların ve doku bileşenlerinin biyolojik özelliklerini koruyan çok hassas bir işlemdir. Liyofilizasyon aynı zamanda, inorganik yüzey özellikleri değişmemesi gereken nanopartiküllerin dispersiyonunda da kullanılabilen en iyi metodtur. Cihazın toplam buz tutma kapasitesi 2,5 kg, Minimum kondenser sıcaklığı –55°C’dir. Rutin aplikasyonlar için uygun olup “LD plus “ model kontrol ünitelidir. Grafiksel LC göstergede kondenser sıcaklığı, proses zamanı, section zamanı ve vakum değeri gibi önemli proses datalar kolayca izlenebilir. Proses süresinin kısalması ve optimizasyonu için vakum kontrol edilebilir. Ürün sıcaklığı ve vakum datalarından buhar basıncı eğrisi datası izlenebilir. RS-232 çıkışı ve proses dökümantasyon yazılımı LyoLog LL-1 opsiyoneldir. 8 adet liyofilizasyon flaskları, geniş ağızlı filtreli şişeler, ampüller ve 3 ısıtmasız raflı kabinde viallerle çalışılması için uygundur. Ayrıca şişe kapatma sistemli 2 ısıtmasız raflı kabin (200mm çaplı)’e sahiptir.

Araştırma Grubu

Doç.Dr. Tamer ÖZCAN

Yrd.Doç.Dr. Serap ÇAĞ
Yrd.Doç.Dr. Mine Sarsağ Gümüş
Araş.Gör.Dr. Elif Yüzbaşıoğlu
Araş.Gör.Dr. Fadime Eryılmaz Pehlivan
Araş.Gör.Dr. Hakan Özden
Araş.Gör.Dr. Nihal Gören Sağlam
Biyo.Dr. Taylan Kösesakal
Biyo.Dr. Eda Kaplan Dalyan

Lisansüstü Öğrenciler: Müge Bozkır, Kadir Boztaş, Yusuf Can Gerçek, Tuğçe Erürker

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Botanik Anabilim Dalı 34460 Süleymaniye / İstanbul

E-posta: tameroz@istanbul.edu.tr, sercag@istanbul.edu.tr, misarsag@istanbul.edu.tr

Telefon: 0212 455 57 00 / 26811, 26807, 26812

SEM-Görüntüleme Laboratuvarı 2010 yılında, İ.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri desteğinde yürütülen …… numaralı proje, yine BAP nin desteklediği 5480505/2006 numaralı proje ve İstanbul Üniversitesinin çeşitli birimlerinden sağlanan kaynaklar ile kurulmuştur.

Laboratuvarda Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) in yanında 1 adet ölçüm ve analiz yapma yeteneğinde fotomikroskop ve yine bir adet ölçüm ve analiz yapma yeteneğinde stereo mikroskop bulunmaktadır.

Laboratuvar Bitki Sistematiği, Bitki Morfolojisi ve Anatomisi başta olmak üzere farklı disiplinlerin ihtiyaç duyduğu mikrografları çekerek hizmet vermektedir.

Taramalı Elektron Mikroskobunda (SEM) görüntü, yüksek voltaj ile hızlandırılmış elektronların numune üzerine odaklanması, bu elektron demetinin numune yüzeyinde taratılması sırasında elektron ve numune atomları arasında oluşan çeşitli girişimler sonucunda meydana gelen etkilerin uygun algılayıcılarda toplanması ve sinyal güçlendiricilerinden geçirildikten sonra bir katot ışınları tüpünün ekranına aktarılmasıyla elde edilir. SEM-Görüntüleme laboratuvarındaki elektron mikroskobunda bu algılayıcılardan gelen sinyaller dijital sinyallere çevrilip bilgisayar monitörüne verilmektedir. Mikroskobun basit bir dijital fotoğraf makinesini aratmayacak kadar kolay kullanışlı bir ara yüzü vardır (Graphical User Interface-GIU). Biyolojik ve biyolojik olmayan materyaller (örn. endüstriyel materyaller) için otomatik ön ayarları olduğu gibi, manuel ayarlar da mevcuttur. 25 nm ayırma (image resolution) sahip olan mikroskop, optik mikroskopların erişemeyeceği canlı görüntüleme ve fotoğraflama yeteneğindedir. Herhangi bir ayar ya da parça değişimi gerektirmeden 10X-20000X aralığında büyütme yapabilir. Önceden yüklenmiş parametre dosyalarıyla kullanıcılar geniş aralıkta bir örnek yelpazesini inceleyebilirler. Örnekler 3 dk içinde incelenmeye hazır hale gelir. Biyolojik materyallerden, değişik malzemelere kadar farklı örnekleri yüksek ve düşük vakum modlarında incelemek mümkündür. İkincil elektron ve geri saçılmış elektronlar görüntülenebilir. 5, 10, 15 kV voltajlarında görüntüleme yapabilir. Örnek tablası 50 mm kalınlığında örnekleri kabul eder ve daha geniş örneklerden net fotoğraflar alınabilir.

Görüntüleme laboratuvarımızda bulunan elektron mikroskobunda iletken ve iletken olmayan örnekler herhangi bir ön hazırlığa gerek kalmadan, kolayca yüklenerek incelenebilir.

Mikroskobun basit bir dijital fotoğraf makinesini aratmayacak kadar kolay kullanışlı bir ara yüzü vardır (Graphical User Interface-GIU). Biyolojik ve biyolojik olmayan materyaller için otomatik ön ayarları olduğu gibi, manuel ayarlar da mevcuttur.

SEM-GÖRÜNTÜLEME LABORATUVAR OLANAKLARI

Jeol JCM 5000 Neoscpe Benchtop Taramalı Elektron Mikroskobu
Austuria Fotomikroskop
Olympus SZX16 Stereomikroskop

Araştırma Grubu

Prof.Dr. Orhan KÜÇÜKER
Yrd. Doç. Dr. Osman EROL

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü Botanik Ana Bilim Dalı 34116 Süleymaniye İSTANBUL

E-posta: erol@istabul.edu.tr

Telefon: 0212 455 57 00 / 26826

İ. Ü. Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar ve Biyoteknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi web sitesine http://gdo.istanbul.edu.tr/ adresinden ulaşabilirsiniz.

!!! Doğal Zenginlikleri Araştırma ve Uygulama Merkezi web sitesine http://dozem.istanbul.edu.tr/ linkinden ulaşabilirsiniz.

Hücre ve tümör biyolojisi çalışmalarına uzun zamandır devam eden grubumuz, diyabet gibi deneysel modellere ilaçlar veya antioksidanlar uygulayarak doku düzeyinde oluşan toksik ve iyileşme etkilerini, rejeneratif büyümeyi, in vitro olarak hücre soylarında, in vivo olarak deney hayvanlarında oluşturulan deneysel tümör modellerine uygulanan çeşitli ajanların veya ilaçların, primer tümör ve metastazlar üzerindeki etkilerinin yanı sıra, tümörlerde iyon kanalları ile metastazlar arasındaki ilişkileri araştırmaktadır. Bu araştırmaları, ışık ve elektron mikroskobu, immunosito/histokimyasal, biyokimyasal, ve moleküler biyoloji (RT-PCR) yöntemleri ile yürütmektedir. Ayrıca, deney hayvanlarına parsiyel hepatektomi, ovariektomi gibi bazı cerrahi metodlar uygulanabilmektedir. Türkiye Atom Enerjisi Kurumu’ndan radyoaktif madde kullanım lisansı bulunan İn vivoAraştırma ve Radyonüklid Uygulama Laboratuarındaki çalışmalarda, radyoaktif maddeler aracılığıyla radyobiyolojik yöntemlerden de faydalanılmakta, radyasyonun organizma üzerinde oluşturduğu akut etkiler incelenmektedir. Tümör Biyolojisi konusunda yürüttüğümüz çalışmalarda, Imperial College (Londra)’den Prof.Dr. M.B.A. Djamgoz ve ekibi ile işbirliği sürdürülmektedir.

Tam donanımlı olan “İn vivo Araştırma ve Radyonüklid Uygulama Laboratuarı” “İn vitro araştırma Laboratuarı” “Doku ve İmmünohistokimya Laboratuarı” ve Deney Hayvanı Birimimiz, TÜBİTAK, İ.Ü BAP projeleri ile alınan veya Prof.Dr. Seyhan Altun’un girişimleri ile çeşitli firmalar tarafından hibe edilen cihaz ve aletlerle kapasitesini artırmış olup, TÜBİTAK projesi kapsamında organize edilen PCR laboratuarımız da yakında hizmete başlayacaktır.

Halen grubumuz laboratuvarlarında 1 adet TÜBİTAK, 2 adet İ.Ü. BAP projesi yürütülmekte, 3 yüksek lisans ile 5 doktora öğrencisi eğitimlerine devam etmektedir.

Ayrıca, laboratuar kurulumu, personel eğitimi ve danışmanlık konularında hizmet verilmekte, isteğe özel eğitimler ile projeler yürütülmektedir.

İn vivo Araştırma ve Radyonüklid Uygulama Laboratuarı

İn vivo olarak deney hayvanlarında prostat ve meme kanseri gibi tümör modellerinin oluşturulması,
Deney hayvanlarına çeşitli kimyasal ajanların ve ilaçların uygulanması, tümör büyümesi, iyon kanalları ve metastaz üzerindeki etkilerinin araştırılması,
Tümör biyolojisinin in vivoolarak immunosito/histokimyasal ve moleküler biyoloji yöntemleri ile araştırılması
Parsiyel hepatektomi ile başlatılan rejeneratif büyümenin araştırılması,
Deney hayvanlarına bazı cerrahi metotların uygulanması,
Deney hayvanlarına radyoaktif madde uygulanarak otoradyografi yöntemi ile izlenmesi ve radyasyonun organizmadaki akut etkilerinin belirlenmesi,

İn vitro Araştırma Laboratuarı

Normal (fibroblast) ve tümöral (prostat, meme, serviks karsinoması) hücre soylarının in vitro olarak yetiştirilmeleri,

Hücre soylarına bitkisel, hayvansal kökenli ajanların veya ilaçların uygulanması ile, hücrelerin büyüme kinetikleri, iyon kanalları ve metastatik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması,
Hücre kinetiği, toksisite, motilite ve invazyon deneyleri,
Tümör biyolojisinin immunosito/histokimyasal ve moleküler biyoloji yöntemleri ile araştırılması
Apoptoz üzerine çalışmalar

Doku ve İmmunohistokimya Laboratuarı

Laboratuar hayvanlarında diyabet, hiperlipidemi gibi çeşitli deneysel modellerin oluşturulması,
Deney hayvanları ile toksisite çalışmalarının yapılması,
Çeşitli antioksidanların ve ilaçların etkilerinin araştırılması,
Laboratuar hayvanlarında oluşturulan deneysel modellerden alınan dokulara, histolojik (ışık ve elektron mikroskobik olarak), immünohistokimyasal ve biyokimyasal yöntemlerin uygulanması.
Laboratuvarda yüksek lisans ve doktora çalışmaları devam etmektedir.

PCR Laboratuarı

Hücre ve tümör biyolojisi çalışmalarının moleküler düzeydeki RT-PCR analizleri.

İletişim: altuns@istanbul.edu.tr, bulan@istanbul.edu.tr

Bitkilerde mutasyon ıslahı çalışmaları yapılan laboratuvarımızdaki araştırmalarYard.Doç.Dr. Sema ALİKAMANOĞLU, Dr. Orkun YAYCILI ve Dr. Ayşe ŞEN tarafından yürütülmektedir. Laboratuarımızda in vitro ortamda gama radyasyonu ile çeşitli abiotik stres faktörlerine (kuraklık, tuzluluk, herbisitler vb.) dirençli yeni bitki soyları geliştirilmekte bu geliştirilen mutant bitkilerin moleküler ve biyokimyasal analizleri yapılmaktadır.

Ayrıca tarımsal ve ekonomik öneme sahip çeşitli bitkilerin doku kültürü teknikleri ile çoğaltılması laboratuarımızda gerçekleştirilmektedir.

Araştırmalar

Gama radyasyonu, manyetik alan, kuraklık, tuzluluk ve herbisitler gibi çevresel stres faktörlerine karşı bitkilerde meydana gelen fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler değişmelerin belirlenmesi, çevresel stres faktörlerine karşı toleransa yönelik bitki genotipleri arasında in vitro ortamda screening çalışmaları
In vitro ve in vivo ortamda gama radyasyonu ile mutasyonların teşvik edilerek istenilen agronomik özelliklerin kazandırılması ve/veya çeşitli abiotik stres faktörlerine dirençli yeni bitki soylarının geliştirilmesi. Mutasyon Islahı
Teşvik edilen mutantların biyokimyasal ve moleküler tiplendirilmesi
Ekonomik değere sahip ağaç ve tarım bitkilerinin mikroçoğaltımı
Bilimsel danışmanlık ve proje geliştirme

İletişim: semakaman@istanbul.edu.tr, oyaycili@istanbul.edu.tr, senayse@istanbul.edu.tr

Araştırmalar:

Karasal ve denizel örnekler kullanılarak geniş kapsamlı radyoaktivite ve ağır metal biyomonitoringi
Denizel organizmalarda (deniz salyangozu, deniztarağı ve karides) radyonüklid biyokinetiği deneyleri,
Aktif biyomonitoring: Mooring sisteme ekilmiş midyelerde (Mytilus galloprovincialis) zamana bağlı radyonüklid ve ağır metal birikiminin belirlenmesi
Çevresel örneklerde 210Po-210Pb aktivitelerinin alfa spektrometresinde belirlenmesi
Toprakta bulunan fisyon ürünü yapay radyonüklidlerin (137Cs), kozmojenik radyonüklidlerin (7Be) ve primordiyal radyonüklidlerin (40K, 232Th, 238U) aktivitelerinin ölçülmesi
Karayosunu, liken ve ağaç kabuğu radyoaktivite monitoringi
Sediment, deniz suyu ve biyota (midye, makroalg) örneklerinde ağır metal ve radyoaktivite ölçümleri

Laboratuvarda yüksek lisans ve doktora çalışmaları devam etmektedir.

İletişim: okilic@istanbul.edu.tr, belmurat@istanbul.edu.tr

Biyoloji Bölümü Hidrobiyoloji Anabilim Dalı bünyesinde bulunan Hidrobiyoloji Araştırma Laboratuvarında, deniz suyu ve sediment örneklerinin ekolojik özelliklerini belirlemek için, tuzluluk, çözünmüş oksijen, besleyici elementlerden PO4-3-P, Silikat-Si ve NO2–+NO3–-N, toplam organik karbon, toplam kalsiyum karbonat, toplam fosfor, biyomas belirlemede kullanılmak üzere klorofil-a gibi değerlere bakılmaktadır. Laboratuvarın olanakları İ.Ü. Öğrenci Sosyal Hizmetler Birimi, İ.Ü. Rektörlük Katma Bütçe ve Prof. Dr. Neslihan Balkıs’ın İ.Ü. BAP projeleri ile laboratuvara kattığı cihazlarla genişletilmiştir. Ayrıca laboratuvarda ülkemizin mevcut plankton türlerinin, bentik omurgasız ve balık faunasının ortaya çıkarılması, endemik ve korunması gereken türlerin belirlenmesine yönelik araştırmaların yanı sıra balık populasyonlarının korunması amacıyla, türlerin büyüme ve üreme biyolojileriyle ilgili çeşitli çalışmalar yapılmaktadır. Ayrıca bu laboratuvarda çok sayıda lisansüstü öğrencisi tez çalışmalarını da yürütmektedir.

Bu laboratuarda otoanalizör, spektrofotometre, santrifüj, ultra saf su sistemi, vakumlu su süzme seti, karıştırıcı, stereozoom ve ışık mikroskopları ile mikro görüntüleme sistemi gibi cihazlar bulunmaktadır.

HİDROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI ARAŞTIRMA LABORATUVARI OLANAKLARI

Deniz suyunun tuzluluk ve çözünmüş oksijen içeriğinin kimyasal titrasyon yöntemiyle ölçülmesi
Deniz suyunda PO4^-3-P, Silikat-Si gibi besleyici elementlerin spektrofotometrik yöntemle belirlenmesi
Deniz suyunda NO2^–+NO3^–-N besleyici elementinin otoanalizör ile ölçülmesi
Biyomas belirlemede klorofil a miktarının ölçülmesi
Sediment örneklerinde toplam organik karbon içeriğinin kimyasal titrasyon ile belirlenmesi
Sediment örneklerinde toplam kalsiyum karbonat içeriğinin volumetrik olarak ölçülmesi
Sediment örneklerinde toplam fosfor içeriğinin spektrofotometrik yöntemle belirlenmesi
Sedimentin çamur yüzdesinin saptanması
Plankton türlerinin belirlenmesi
Denizel zoobentik organizmaların incelenmesi
Ülkemizin balık faunasının incelenmesi, endemik ve korunması gereken türlerin ortaya çıkarılması
Balık türlerinin büyüme ve üreme biyolojilerinin araştırılması, tutulabilir en küçük balık boyunun ve yaşının saptanması
Balıkçılık faaliyetlerinde hedef dışı av ve canlı kommuniteler üzerine balıkçılık etkilerinin saptanması

İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ DÖNER SERMAYESİNE YAPILAN HİZMETLER

IRA Madencilik
İstanbul Büyükşehir Belediyesi
Tübitak Marmara Araştırma Merkezi
Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı okullara danışmanlık

Araştırma Grubu

Prof. Dr. Hüsamettin BALKIS
Prof. Dr. Ömer ALTUN
Prof. Dr. Neslihan BALKIS
Doç. Dr. Serhat ALBAYRAK
Doç. Dr. Lütfiye ERYILMAZ
Doç. Dr. Müfit ÖZULUĞ
Yard. Doç. Dr. Benin TOKLU ALIÇLI
Araş.Gör. Dr. Ayşegül MÜLAYİM
Araş.Gör. Dr. Cem DALYAN
Araş.Gör. Senem ÇAĞLAR

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 34134 Vezneciler / İstanbul

E-posta: aysegulm@istanbul.edu.tr, senemc@istanbul.edu.tr, dalyan_cem@yahoo.com Telefon: 0212 455 57 00 / 15106-15144

Plankton Kültürü Laboratuvarı Biyoloji Bölümü Hidrobiyoloji Anabilim Dalı bünyesinde 2008 yılında Borusan Mannesmann Boru Sanayi ve Ticaret A.Ş.’nin katkılarıyla kurulmuş ve laboratuvarın imkanları Yard. Doç. Dr. Benin Toklu Alıçlı’nın İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projesi ve Prof. Dr. Neslihan Balkıs’ın TÜBİTAK uluslar arası ikili işbirliği projesiyle geliştirilmiştir. Plankton Kültürü Laboratuvarında, tek hücreli organizmaların laboratuvar ortamında üretilmesi ve deniz sedimanında bulunan dinoflagellat kistlerinin teşhis ve üretimi ile ilgili çalışmalar gerçekleştirilmektedir. Türkiye’de ilk kez deniz sedimanında yaşayan Dinoflagellat kistleri üzerine kültür çalışmaları laboratuarımızda gerçekleştirilmektedir. Ayrıca, ülkemizde az sayıda yapılan deniz türlerinin üretimi de bu laboratuvarda yapılmaktadır.

Laboratuvar alt yapısında etüv, otoklav, ultrasonik banyo, hassas terazi, ışık ölçer, pH metre, karıştırıcı, mikropipetler ve ışık mikroskobu ve görüntüleme sistemi gibi çeşitli aletler yer almaktadır.

Plankton kültürü Laboratuvarının kuruluş amacı sularımızdaki mikroskobik canlıların üretimi ve kültüre alınması, ülkemiz ekonomisine katkı sağlayacak önemli türler üzerine biyoteknolojik çalışmaların yapılması, tür çeşitliliğine katkı sağlanması, toksik olanların izolasyonunun yapılıp monokültür oluşturulması ve sedimanda bulunan kist ve polenlerin belirlenmesidir.

PLANKTON KÜLTÜRÜ LABORATUVAR OLANAKLARI

Tek hücreli organizmaların laboratuar ortamında üretilmesi
Ekonomik değeri yüksek türlerin yetiştirilip ülke ekonomisine kazandırılması
Deniz sedimanında bulunan dinoflagellat kistlerinin ve polenlerin teşhis edilip üretilmesi

Araştırma Grubu:

Prof. Dr. Neslihan Balkıs
Yard. Doç. Dr Benin Toklu Alıçlı

Lisansüstü öğrenciler: TÜBİTAK burslu doktora öğrencisi Muharrem Balcı

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 34134 Vezneciler / İstanbul

E-posta: neslbalk@istanbul.edu.tr ,benin@istabul.edu.tr,

Telefon: 0212 455 57 00 / 15115-15147

Primer Hücre Kültürü Laboratuvarı, Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü’nde, 2008 yılında İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü BAP Birimi tarafından yaklaşık 500.000 TL ile desteklenen projeler ile kurulmuştur. 2012 yılının sonlarında yine BAP Birimi tarafından desteklenen yaklaşık 600.000 TL bütçeli bir proje ile bu laboratuvara kök hücre izolasyonu ve karakterizasyonu çalışmaları için gerekli olan cihaz ve kimyasallar kazandırılarak 2013 yılında kök hücre çalışmaları başlamıştır.

Primer Hücre Kültürü ve Kök Hücre Laboratuvarı’nın kuruluş amacı, tedavisi üzerinde yoğun çalışılmakta olan diyabet hastalığının hücresel tedavisi için gerekli olan tek hücre düzeyinde araştırılmaların yapılarak dünya literatürüne önemli katkıların sağlanabilmesidir. İlk alınan iki proje kapsamda laboratuvarımızda Türkiye’de ilk kez pankreatik beta hücreleri izole edilmiştir ve çalışmalar hızla sonlandırılarak elde edilen bulgular uluslar arası indekslerde yer alan bir dergide yayınlanmıştır. Ayrıca, son alınan proje kapsamında kemik iliği kaynaklı ve pankreatik ada kaynaklı kök hücreler izole edilmiştir. Çalışmalar hızla devam etmektedir.

Bu laboratuvarda araştırma projelerinin yanı sıra yüksek lisans ve doktora tezleri yapılmaktadır. Insulinoma hücre soyu (INS-1, RINm5F), pankreas kanal hücre soyu (ARIP), ekzokrin pankreas hücre soyu (AR42J), meme kanseri hücre soyları (MCF-7 ve MDA-MB 231), C6 glioma hücre soyu ile araştırmalar yapılmaktadır. Tüm bu hücrelerden elde edilen materyaller ile Flow Sitometrik analizler, qRT-PCR, İmmunpresipitasyon, Western Blotlama, Çoklu İmmunfloresan İşaretlemeler ve ELISA testleri gibi moleküler biyolojik uygulamalar yapılmaktadır.

Primer Hücre Kültürü ve Kök Hücre Laboratuvarı Olanakları

Laminar Air-Flow
Karbondioksitli İnkübatör
İnvert ve Floresan Mikroskop
-152°Cderin dondurucu
Flow Sitometri
Termal Cycler

Araştırma Grubu

Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT
Doç Dr. Selda GEZGİNCİ-OKTAYOĞLU
Araş. Gör. Dr. Serap SANCAR-BAŞ
Araş. Gör. Ayşe KARATUĞ
Yüksek Lisans Öğrencisi Eda OYAR-YILMAZ

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 34134 Vezneciler / İstanbul

E-posta: sbolkent@istanbul.edu.tr

Telefon: 0212 455 57 00 / 15079

İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümüne bağlı olarak 22.06.2007 tarihinde kurulan Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalının mikrobiyoloji konusundaki eğitim ve akademik çalışmaları 1968 tarihinde Radyobiyoloji Anabilim Dalında başlamıştır. 1981 yılından beri de Genel Biyoloji Anabilim Dalı içinde araştırma projeleri ve İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji lisansüstü programında Prof.Dr. Ayşın Çotuk danışmanlığında yapılmış tezlerle devam etmiş ve Dr. unvanı kazanan akademisyenlerle mikrobiyoloji grubu oluşmuştur. Bu grup Prof.Dr. Ayşın Çotuk başkanlığındaki bugünkü “Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı”nın akademik kadrosudur. Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda mikrobiyal ekoloji, mikroorganizmaların birbirleriyle olan ilişkileri, Legionella pneumophila, sülfat indirgeyen bakteriler, su kirliliği (deniz, tatlı su, içme suyu, kullanma suyu), biyofilm, biyokorozyon, dental ünitelerde mikrobiyal kirlilik, mikoloji, amipler gibi başlıklarda lisansüstü tezler ve projeler yürütülmektedir. Birimimizde yürütülmekte olan projeler İ.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, DPT ve TÜBİTAK gibi kurumlar tarafından desteklenmektedir.

Anabilim dalımız Araştırma Laboratuarında döner sermaye üzerinden su (Legionella, koliform, sülfat indirgeyen bakteriler), gıda, biyofilm ve farklı numunelerin mikrobiyolojik analizleri yapılmakta, muhtelif dezenfektanların etkinlikleri analiz edilmekte, laboratuar kurulumu, isteğe ve amaca özel personel eğitimi ile danışmanlık hizmetleri verilmektedir. Ayrıca talep doğrultusunda muhtelif özel mikrobiyolojik analizler yapılmakta, isteğe özel eğitimler verilmekte, şirketlere proje danışmanlık/hakemlik hizmetleri sunulmakta, özel sektör ve okullarla projeler yürütülmektedir.

ANABİLİM DALIMIZIN ÇALIŞMA KONULARI

1-İnsan yapımı su sistemlerinde Legionella, sülfat indirgeyen, kükürt okside eden bakterilerin, özgür yaşayan amiplerin izolasyonu ve tanımlanması

2- Mikrobiyolojik korozyon

3- Antibakteriyel aktivite tayini, dezenfektan etkinlik çalışmaları (süspansiyon, biyofilm)

4- Mikrobiyolojik gıda analizi

5- Petrolden sülfat indirgeyen bakteriler ve metan üreten bakteriler

6- Çeşitli ürünlerin mikrobiyolojik kalite tayini

7- Mikoloji, aerobiyoloji

8- İç ve dış ortam hava kalitelerinin belirlenmesi

9- Su kirliliği

10- Quorum sensing

11- Biyofilm testleri ve karakterizasyonu

ÜNİVERSİTE ve SİVİL TOPLUM KURULUŞLARIYLA YAPILAN ETKİNLİKLER

Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı olarak Lejyoner Hastalığı ile mücadele konusunda TUROB, UTTMD, İSKİD gibi kuruluşlarla bir araya gelerek seminerler düzenlemekteyiz.

a. TUROB’un üyeleri için organize ettiği Lejyonella Semineri İstanbul Conrad Otel’de gerçekleşti

“Lejyonella Risklerinin Kontrol Edilmesi (Engineering for control of Legionnaires’ Disease Hazards)” hakkındaki seminer TUROB ve İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı işbirliği ile gerçekleşti. TUROB üyesi otellerin housekeeping ve teknik departman yöneticilerinin katılımı ile gerçekleşen seminer İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Ayşın Çotuk’un açılış konuşmasıyla başladı. TUROB Başkanı Timur Bayındır’ın hoş geldiniz konuşmasının ardından Danışman Mühendis Clive Broadbent’in sunumuyla devam etti.

b. UKÜ Biyoteknoloji Araştırma Merkezi kuruluşuna destek

Uluslararası Kıbrıs Üniversitesi (UKÜ) Nisan ayında yapılan toplantıyla basına tanıtılan UKÜ Biyoteknoloji Araştırma Merkezi (Biotechnology Research Center – BRC), geçen hafta içerisinde çalışma gurubu ile biraraya gelerek ikinci toplantısını gerçekleştirdi. Onkoloji, Çevre Mühendisliği ve Mikrobiyoloji olmak üzere 3 anabilim dalında bilimsel araştırmalarına başlayan BRC’nin Direktörü ve Eczacılık Fakültesi Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Rüstem Önkal ile Başdanışmanı ve Imperial College Kanser Biyolojisi Profesörü Mustafa Camgöz başkanlığında gerçekleştirilen ikinci toplantıda Master Planı’nın sonuçlandırılması için çalışmalar yapıldı.

UKÜ Kampüsü’nde gerçekleştirilen toplantıya BRC Direktörü Önkal ve Başdanışman Camgöz’ün yanı sıra Prof. Dr. Ayşın Çotuk (İstanbul Üniversitesi Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Başkanı), Doç. Dr. İrfan Türetgen (İstanbul Üniversitesi Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi), Prof. Dr. Mete Tayanç (UKÜ ve Marmara Üniversitesi Çevre Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi), Yrd. Doç. Dr. Rana Kıdak (UKÜ Çevre Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi), Yrd. Doç. Dr. Hatice Erkurt (UKÜ Çevre Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi), Dr. Nahit Rizaner (UKÜ Eczacılık Fakültesi Öğretim Üyesi) katıldı.

c. TUROB- Fen Fakültesi işbirliğiyle Legionella paneli

Turistik Otelciler, İşletmeciler ve Yatırımcılar Birliği (TUROB) ile İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü işbirliği ile Legionella Paneli düzenlendi. Panele Prof. Dr. Ayşın Çotuk, Doç. Dr. Ayten Erdem, Doç.Dr. İrfan Türetgen, Y.Doç. Dr. Zuhal Zeybek, TUROB Başkanı Timur Bayındır ve TUROB üyesi otellerin yetkilileri katıldı.

Divan Hoteli’nde yapılan panelde, öğretim üyeleri Legionella hastalığı hakkında bilgi verdiler. Legionella’nın, havalandırma, duş, jakuzi, havuz, musluk ve su deposu, soğutma kuleleri, termaller-kaplıcalar, yüzme havuzları, sıcak soğuk su sistemleri, bahçe sulama sprinkleri gibi ortamlarda kolayca üreyebildiğini ifade ettiler. Legionella’nın büyük iş merkezleri, konaklama tesisleri gibi yerlerde hassas bir konu olduğunu dile getiren öğretim üyeleri, hastalığa karşı önlem alınmasında, öncelikle bu hastalığın gelişebileceği ortamların kontrol altında tutulması ve gerekli önlemlerin alınması gerektiğini söylediler.

d) İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Su ve Havalandırma Sistemlerinde Mikrobiyal Kirlilik ve Kontrolü Paneli

DÖNER SERMAYE İŞLETMELERİ ARACILIĞI İLE VERİLEN HİZMETLER VE REFERANSLARIMIZ

*KURUM ADI*	*YAPILAN ANALİZ*
Lever A.Ş.	Legionella analizi
Endüstri Kimya	Legionella analizi ve laboratuar kurulum danışmanlığı
Deren Kimya	Legionella analizi
Teknik Su	Legionella analizi
Meka-Plast	Legionella analizi
Crown-Cork&Seal	Legionella analizi
Birleşik Oksijen Sanayi	Legionella analizi
Polat Renaissance Otel	Legionella analizi
Armada Otel	Legionella analizi
Newport Otel	Legionella analizi
Jel Kimya	Legionella analizi
Corus Metal	Legionella analizi
Ceylan Otel	Legionella analizi
Grand Emin Otel	Legionella analizi
T.C.Turizm Bakanlığı *	Legionella analizi
T.B.M.M. Dolmabahçe Sarayı	Halıların mikrobiyolojik analizi
MEKAP Ayakkabı	Tabanın antifungal etkinliğinin analizi
Normandy Madencilik A.Ş.	Sülfat indirgeyen ve demir bakterisi analizi
Türk TELEKOM	Koliform analizi
Güner Kuyumculuk	Koliform analizi
Sana Yağı	Ambalaj kağıdı sterilite kontrolü
Algida	Ambalaj kağıdı sterilite kontrolü
Almena	Islak mendil sterilite kontrolü
GEMSAN	Dezenfektan etkinlik testi

*T.C. Turizm Bakanlığı ile Fakültemiz arasında yapılmış olan protokol kapsamında Mikrobiyoloji Laboratuarımızda İstanbul’daki 3, 4 ve 5 yıldızlı 100 otelin sularında Legionella analizi yapılmıştır.

ARAŞTIRMA GRUBU

• Prof. Dr. Ayşın ÇOTUK

• Doç. Dr. Ayten ERDEM

• Doç. Dr. İrfan TÜRETGEN

• Doç. Dr. Esra SUNGUR

• Yard. Doç. Dr. Zuhal ZEYBEK

• Araş. Gör. Dr. Nihal DOĞRUÖZ GÜNGÖR

• Araş. Gör. Dr. Nazmiye Özlem ŞANLI YÜRÜDÜ

• Araş. Gör. Dr. Duygu GÖKSAY KADAİFÇİLER

• Araş. Gör. Dr. Elif Özlem ARSLAN AYDOĞDU

• Araş. Gör. Miray ÜSTÜNTÜRK

• Araş. Gör. Cansu VATANSEVER

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 34134 Vezneciler / İstanbul

E-posta: abcotuk@istanbul.edu.tr, turetgen@istanbul.edu.tr
Telefon: 0212 455 57 00 / 15069

Etkinlik ve Çalışmalarımızdan Görüntüler

Çevresel faktörlerin erkek üreme sistemine ve gelişimine etkileri in vitro olarak incelenmektedir. Örneğin arsenik, florür ve akrilamid gibi çeşitli yollarla aldığımız maddelerin, üreme hücreleri üzerine agonist ve antogonist etkileri, metabolik ürünleri, reseptörlere bağlanma seviyeleri, hormonları inhibe ve indükleme yolları araştırılarak erkek üreme sisteminin gelişimi ve sağlığı ile ilgili çok çeşitli araştırmalar yapılmaktadır.

2004 yılında kurulmaya başlayan Hücre ve Doku kültürü laboratuvarı, 2009 yılında BAP birimine verilen güdümlü bir proje ile kurulumu tamamlanmıştır. Bu laboratuvarda erkek üreme sistemine ait TM3 (Leydig) ve TM4 (Sertoli) gibi hücre soyları ile yapılan araştırmalarda çevresel faktörlerin, erkek üreme sisteminin gelişimi sırasında hangi metabolik yolları etkilediği ve bu yolların birbirleriyle kesişme noktaları ortaya çıkarılmaktadır. Ayrıca in vivo çalışmalarda farklı canlıların embriyonel dönemlerinde gelişimi incelenmektedir. Bu çalışmalar sırasında bu laboratuvarlarda çok sayıda lisansüstü öğrenciye eğitim verilerek araştırma projeleri ve tez çalışmaları yürütülmektedirler.

Laboratuvarın olanakları:1. Laminar Airflow

2. Floresan İnvert Mikroskop ve Görüntüleme Sistemi

3. Karbondioksitli İnkübatör

4. –80ºC Derin Dondurucu

5. Ultrasonikatör

6. Multiscan Spektrum

7. Homojenizatör

Araştırmalar:

1- Hücre ve doku kültürü teknikleri

2- Hücre canlılık testleri (MTT ve BrdU)

3- Sitotoksisite testleri (LDH)

4- Enzim aktivitesi ölçümleri (SOD, GPx, GST, ƴ-GT)

5- Oksidatif stress parametreleri ölçümleri

6- Erkek üreme sistemi hormonlarının ölçümü

7- Floresan işaretleme teknikleri

8- Histokimyasal analizler

9- Doku homojenizasyonu ve Biyokimyasal analizler

10- İmmünositokimyasal analizler

Araştırma Grubu

Prof. Dr. Melike ERKAN
Araş. Gör. Dr. Yasemin TUNALI AYUN
Banu ORTA (Doktora öğrencisi)
Esra YAZICIOĞLU (Yüksek Lisans öğrencisi)
Emine ŞEN (Yüksek Lisans öğrencisi)
Batuhan COŞKUN (Yüksek Lisans öğrencisi)
Ezgi HAMZAOĞLU (Yüksek Lisans öğrencisi)
Alper CANKUR (Yüksek Lisans öğrencisi)
Gülnaz YILDIRIM (Yüksek Lisans öğrencisi)
Mine CELEP (Yüksek Lisans öğrencisi)
Tunahan TAŞÇI (Yüksek Lisans öğrencisi)

İletişim:

İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Zooloji Anabilim Dalı 34134 Vezneciler / İstanbul

Prof. Dr. Melike ERKAN : 0212 455 57 00/15021; merkan@istanbul.edu.tr

Araş. Gör. Dr. Yasemin TUNALI AYUN : 0212 455 57 00/15105; yastun@istanbul.edu.tr

Midyenin Döllenmesi (video)

Midyenin Döllenmesi from İ.Ü. Fen Fakültesi on Vimeo.

Projeler

BAP Projeleri

“Poliklorlubifenillerin TM3 Leydig hücrelerinde oluşturduğu oksidatif toksisiteye genisteinin etkisi” (Proje No: 2858-2008, tamamlandı, Prof. Dr. Melike ERKAN)
“Sodyum Florür ve Sodyum Arsenik’in TM3 Leydig ve TM4 Sertoli hücre soyları üzerine tek tek ve birlikte toksik etkileri” (Proje No:3884-2009, tamamlandı, Prof. Dr. Melike ERKAN)

Doktora Tez Projeleri

“Poliklorlu bifeniller ve Vitamin E’nin TM3 Leydig hücreleri üzerine etkileri” (tamamlandı, Yasemin TUNALI AYUN)

Yüksek Lisans Tez Projeleri

“Genistein ve Vitamin E’nin TM3 Leydig Hücreleri Üzerine Etkileri” (tamamlandı, Simge KARA)
“Sodyum florürün TM4 Sertoli hücreleri üzerinde oluşturduğu oksidatif hasara vitamin C nin etkisi” (tamamlandı, Banu ORTA)
“Hamilelikte ve laktasyonda akrilamid ve alkol uygulanan farelerin erkek yavrularının testis gelişimi” (devam ediyor, Emine ŞEN)
“Hamilelikte ve laktasyonda akrilamid ve ascorbik asit uygulanan farelerin erkek yavrularının testis gelişimi” (devam ediyor, F. Esra YAZICIOĞLU)
“Aflatoksin B1’in TM3 Leydig hücreleri üzerine etkileri” (devam ediyor, M. Batuhan COŞKUN)
“Sitrininin TM3 Leydig hücreleri üzerine etkileri” (devam ediyor, Ezgi HAMZAOĞLU)

Fizyoloji Araştırma Laboratuvarı, 2001 yılında İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Bilimsel Araştırma Projeleri Yürütücü Sekreterliği’nin 1525/16012001 no’lu projesi ile Zooloji Anabilim dalı bünyesinde kurulmuştur. Fizyoloji Araştırma Laboratuvarı’nda, hayvan modellerinde (sepsis, diyabet, hipertansiyon, hiperglisemi, epilepsi, hemorojik şok, vs.) dolaşım sistemi başta olmak üzere çeşitli sistemlere ait fizyolojik araştırmalar yapılmaktadır. Bu laboratuvarın kurulmasıyla, bölümümüzde ilk defa anestezi altında, gerçek zamanlı ölçümlerle fizyolojik araştırmalar yapılmaya başlanmıştır. Bu çalışmalar yüksek lisans ve doktora çalışmaları olarak değerlendirilmesinin yanında, Hayvan Fizyolojisi dersinin, hareket, sinir ve dolaşım sistemi uygulamalarını da kapsamaktadır. Fizyoloji Araştırma Laboratuvarı’nın gelişmesi öncelikle lisansüstü öğrencilerinin daha iyi şartlarda tezlerini yapmalarına ve bilimsel yayınlarının hazırlanmasına olanak vermektedir.

Laboratuvarın altyapısı, 2007 yılında TÜBİTAK-Temel Bilimler Araştırma Grubu (Proje No: 107T212) tarafından desteklenen uluslararası işbirliği olan proje kapsamında, deney hayvanlarının kalplerine in situ kanülasyon yapılması amacıyla alınmış olan “Langendorff İzole Kalp Sistemi” ile güçlendirilmiştir. Böylece, laboratuvar yeni cihaz ve alt yapı yatırımlarıyla daha donanımla hale getirilmiş ve alanında benzer laboratuvarlarla rekabet edebilecek modern bir görünüme sahip olmuştur. Laboratuvarımız, ülkemizde fizyoloji çalışmaları yapılan Fen Fakültesi Biyoloji Bölümleri’nde yer alan laboratuvarlar iyi bir yere sahiptir. Laboratuvarımızda kuruluş amacına uygun olarak 2008 yılında izole kalp sistemiyle ilgili ulusal ve uluslararası bilimsel çalışmalara, lisansüstü tezlere bağlı araştırmalara başlanmıştır. Bu çalışmalar, bundan sonra yapılması planlanan araştırma projeleri ile de üniversitemizde ve ülkemizde yapılmakta olan in vivo ve in vitro fizyoloji çalışmalarına önemli katkılar sağlayacaktır. Ayrıca bu laboratuvar, alanında uzman araştırmacıların yetişmesine, ulusal-uluslararası işbirliklerinin geliştirilmesine ve kaliteli yayınların üretilmesine hizmet verecektir.

Fizyoloji Araştırma Laboratuvarı’nda, farklı hayvan modellerinde (sepsis, diyabet, hipertansiyon, hiperglisemi, epilepsi, hemorojik şok, vs.) anestezi altında, gerçek zamanlı ölçümlerle yapılan fizyolojik araştırmalar, hareket, sinir ve dolaşım sistemi uygulamaları, biyopotansiyel kayıtları, düz, çizgili ve kalp kasında kasılmanın ölçülmesi, mikrosirkülasyon çalışmaları, Langendorff İzole kalp sisteminde akut ve/veya kronik iskemi-reperfüzyon hasarına karşı çeşitli endojen ve eksojen ajanların etkilerinin incelenmesi ve kardiyak parametrelerin belirlenmesi, nörodejeneratif hastalıklar ile ilgili çeşitli araştırmalar yapılmaktadır.

İzole Kalp Sistemi Araştırma Grubu

Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ-TANSEL
Araş. Gör. Dr. Ebru GÜREL-GÜREVİN
Dr. Savaş ÜSTÜNOVA

İn vivo Elektrofizyolojik Veri Kazanım Sistemi Araştırma Grubu

Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ-TANSEL
Araş. Gör. Dr. Aslı KANDİL
Araş. Gör. Dr. Ayşegül KAPUCU
Dr. Savaş ÜSTÜNOVA
Dr. Bülent ERGİN

Epilepsi Araştırma Grubu

Prof. Dr. Kadriye AKGÜN-DAR
Araş. Gör. Dr. Ayşegül KAPUCU

Lisansüstü öğrenciler: Samet ACAR, P. Sinem ÖZDEMİR, Deniz EROL, Neslihan FERAK, Merve KAVALCI, Tuğba KAŞKAVALCI, Gülin KORKMAZ

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Zooloji Anabilim Dalı 34134, Vezneciler/ İstanbul

E-posta: cihan@istabul.edu.tr, kakgun@istanbul.edu.tr,

Telefon: 0212 455 57 00 / 15099, 15101

Fizyoloji Araştırma Laboratuvarı from İ.Ü. Fen Fakültesi on Vimeo.

Biyoloji Bölümü Zooloji Anabilim Dalı bünyesinde bulunan Endokrinoloji laboratuvarı İ.Ü Bilimsel Araştırma Projeleri Biriminin 163/15012004 ve 11865/15022011 projeleri ile desteklenerek kurulmuştur.

Endokrinoloji Araştırma Laboratuvarında çeşitli omurgalı hayvanların dokularında hormon reseptörlerinin yerleri ve hormon üreten hücrelerin belirlenmesi, hormonların çeşitli dokulardaki etkilerinin gösterilmesi amacıyla eksojen hormon uygulaması yapılmaktadır. Özellikle omurgalı hayvanlardan, amfibilerin yıllık yaşam döngüsünün metabolik olarak farklı dönemlerinde (aktif ve hibernasyon periyodu) bazı hormonların ve reseptörlerinin ekspresyonlarındaki değişiklikler ile metamorfik gelişim sürecindeki kurbağaların çeşitli dokularında programlı hücre ölümü ve proliferasyonun immünohistokimyasal olarak saptanması ile ilgili çalışmalar yapılmaktadır. Ayrıca laboratuvarda lisansüstü öğrencilerin tez çalışmaları yürütülmektedir.

Laboratuvarın olanakları

1-Mikrotom

2- Isıtma tablası

3- Işık mikroskobu ve görüntüleme sistemi

4- Liyofilizatör

5- pHmetre

Araştırmalar

İmmünohistokimyasal Analizler
Histokimyasal analizler

Araştırma Grubu

Yard.Doç.Dr. Meliha Şengezer İnceli
Tuğba Duzla (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Yüksek Lisans Tezleri:

Tuğba Duzla (Biyoloji Anabilim Dalı, Zooloji Programı, Tez aşaması devam ediyor)
“Kurbağa (Pelophylax ridibundus) karaciğerinde leptin ve leptin reseptörünün saptanması: İmmünohistokimyasal bir çalışma”
Özay Şahingöz (Biyoloji Anabilim Dalı, Zooloji Programı, 2012)
“Androjen baskılama yöntemlerinin sıçan mesane histopatolojisi ve seks hormon reseptörleri üzerine etkisi”
Ayça Sezen (Biyoloji Anabilim Dalı, Zooloji Programı, 2011)
“Kurbağa (Rana ridibunda) larvasının metamorfozu sırasında pronefroz ve mezonefrozda meydana gelen değişiklikler”
Serap Sancar (Biyoloji Anabilim Dalı, Zooloji Programı, 2006)
“Triturus karelini (Amphibia: Urodela)’nin erkek bireylerinde kloak yapısı ve kloak bezleri fonksiyonunun hormonal kontrolü”

İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 34134 Vezneciler / İstanbul

E posta: melis@istanbul.edu.tr

Telefon: 0212 455 57 00/15066

Moleküler Zooloji Laboratuvarı, Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Zooloji Anabilimdalı bünyesinde 2009-2010 yılları arasında kurulmuştur. İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Biriminin 210.000 TL desteği ile kurulmuş olan Moleküler Zooloji Laboratuvarı, 2010 yılından beri aktif olarak deneysel araştırmalarını sürdürmektedir.

Bu laboratuvarın kuruluş amacı, biyolojik tür bakımından oldukça zengin olan Ülkemizdeki organizmaların genetik karakterizasyonu, gen kaynaklarının tespiti, akrabalık ilişkilerinin ortaya konulması (filogeni), filocoğrafik dağılımı ve populasyon genetiği gibi alanlarda araştırmalar yapmaktadır. Böylece, doğal kaynak olarak gösterilen biyoçeşitliliği tespit edebilen ve etkin bir şekilde kullabilen nitelikli insan gücünün oluşturulması planlanmaktadır.

Ayrıca, model olmayan (ing. non-model) organizmalarda görülen biyolojik fenomen ve mekanizmaların fonksiyonel genetik yöntemler ile aydınlatılması laboratuvarımızın diğer bir amacıdır.

MOLEKÜLER ZOOLOJİ LABORATUVAR OLANAKLARI

2 adet Biyohazart (TEZSAN-Class II Tip) Steril Kabin
1 adet TEZSAN Çekerocak
1 adet TECHNE Gradient Thermal Cycler (96 örneklik)
UV-Transsimulatör (VILBER-LOURMAT INFINITY -1000/20M)
THERMO-OWL Jel Elektroforezi Dökümantasyon Gereçleri (Thermo)
Elektroforez için Güç Kaynakları (MP 250V Power Supply ) (Thermo)
Mikrosantrifüj (Thermo)
1 adet Otoklav (ALP)
Ultra Saf Su Cihazı (Elga)
Mikrodalga Fırın (Arçelik)
Mikropipet setleri (0.5-10 µl, 10-100 µl, 20-200 µl, 100- 1000 µl) (Thermo)
-26 °C Deep freze Soğutucu (Beko)
+4 °C Soğutucu (Beko)
Shaking Incubator (Stuart)
Çalkalayıcılı Su Banyosu
Magnetik karıştırıcı
pH metre
Hassas terazi
Vorteks

Araştırma Grubu:

Yard. Doç. Dr. Cüneyt KUBANÇ
Yard. Doç. Dr. Nerdin KUBANÇ
Yard. Doç. Dr. Oya ÖZULUĞ
Araş. Gör. Vahap ELDEM

Lisansüstü öğrenciler: Tunahan TAŞÇI, Serdar BERK,İrem DEMİRCİ, Hakan AYAN. İletişim: İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 34134 Vezneciler / İstanbul

E-posta: kubac@istabul.edu.tr.

Telefon: 0212 455 57 00 / 15086

Sistematik Zooloji Laboratuvarı Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Zooloji Anabilim Dalı bünyesinde 1986 yılında kurulmaya başlanmıştır. Projeler ile alet alımlarına devam edilmiştir. Laboratuvar genel olarak arazi çalışmalarının devamlılığına hizmet etmesi sebebiyle yapısında daha çok arazi ekipmanlarını barındırmaktadır. Oluşturulduğu yıldan itibaren aktif olarak çalışmaktadır.

Sistematik Zooloji Laboratuvarının kuruluş amacı, Sistematik Zooloji alanında çalışmalar yapmak, farklı araştırmalar ile Türkiyenin fauna ve biyoçeşitliliğine katkı sağlamak, Sistematik zooloji, Adli entomoloji, Biyolojik Müze metodları, Davranış biyolojisi, Zoocoğrafik dağlım ve hayvan- ekoloji ilişkisi ile ilgili Yüksek lisans ve Doktora tez çalımaları ile alanında yeterli donanıma sahip insan gücü yetiştirebilmektir.

Laboratuvarımızda, Sistematik zooloji, Zoocoğrafik dağlım ve ekoloji, Davranış biyolojisi, Adli entomoloji ve Zooloji müzesi materyalinin revizyonu ve oluşturulması olmak üzere dört ayrı alanda çalışmalar yürütülebilmektedir. Bu çalışmaların bazıları disiplinlerarası nitelik taşımaktadır.

SİSTEMATİK ZOOLOJİ LABORATUVARI OLANAKLARI