İstanbul Üniversitesi| Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü

İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi

Biyoloji Bölümü

MOLEKÜLER ANALİZ LABORATUVARI I ve II

Moleküler analiz laboratuvarları, Botanik Anabilim dalı bünyesinde daha önceden mevcut olan laboratuvarların altyapısını geliştirmek amacıyla 2010 yılında, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenen güdümlü proje kapsamında kurulmuş, yeni cihaz ve alt yapı yatırımlarıyla daha donanımla hale getirilerek 2012 yılından itibaren, bilimsel araştırma, lisansüstü eğitim ve analiz çalışmalarına başlanmıştır.

Moleküler analiz laboratuvarlarının kuruluş amacı, modern metodlar ve cihazlar kullanarak, nitelikli bilimsel araştırmalar yapmak, lisans üstü öğrenciler yetiştirmek, akademik bilgi üretimi ile ülkemiz için önem taşıyan üniversite –sanayi işbirlikleri kapsamında innovasyon, yeni ürün, patent çalışmalarına katkı sağlamaktır.

Bu kapsamda laboratuvarlar, deneysel materyallerin çeşitli araştırma metodlarına uygun olarak hazırlanıp analiz edilmesine hizmet veren, fitokimyasal, fizyolojik, ekolojik, sistematik, proteomik ve genomik çalışmaların yürütüldüğü, uluslar arası kabul gören standart metodların uygulanıp, araştırma çalışmaları ve rütin analizlerin yapılabildiği, modern teknoloji ürünü çok sayıda cihaz ve ekipmanla donatılmıştır. Ülkemiz için önem taşıyan gıda, bitki gen kaynakları, tarımsal ürünler, besin destekleri, fonksiyonel gıdalar, fitoterapötik maddeler, doğal kozmetik ürünler konusunda çeşitli araştırma projeleri ile, bitki materyallerinden DNA, RNA ve protein izolasyonları, DNA, RNA ve proteinlerin spektrofotometrik tayini, Southern, Northern ve Western blotlama, protein ve nükleik asitlerin jel elektroforezleri ve görüntülenmesi, bitkisel materyalden uçucu ve sabit yağ ekstraksiyonu, gaz kromatografisi ve HPLC analizleri için örnek hazırlama, antioksidan enzimlerin aktivite tayini, klorofil ve diğer fotosentetik pigmentler, poliaminler, fenolikler ve çeşitli fitokimyasal maddelerin spektrofotometrik analizleri bu laboratuvarlar bünyesinde gerçekleştirilebilmektedir.

MOLEKÜLER ANALİZ LABORATUVARLARININ OLANAKLARI ELGA REZERVOIR, Deiyonize su sistemi; reçine kullanılarak iyon değişiminin sağlandığı ve pratik olarak su içindeki tüm iyonların alındığı sistemlerdir. Deiyonizasyon işleminde su önce katyonik reçine yatağından geçirilerek pozitif yüklü iyonlar hidrojen iyonları ile daha sonra anyonik reçine yatağından geçirilerek negatif yüklü iyonlar hidroksit iyonları ile yer değiştirir ve su içindeki tüm iyonlar alınmış olur. Deiyonize su fitokimyasallar, ilaç, kimyasal ve kozmetik sanayinde, sağlık ve gıda sektöründe, yüksek basınçlı buhar kazanlarında, matbaacılıkta, elektronik endüstrisinde, su analiz laboratuarlarında, tekstil endüstrisinde, enerji santrallerinde ve yaygın olarak kullanılmaktadır. Yüksek teknolojili analitik cihazların kullanıldığı çeşitli deneysel araştırmalarda deiyonize suyun kullanılması gereklidir.

KALE BUZZBAR, buz makinası; Düşük ısıda bozulan materyalin buz içerisinde saklanması amacıyla kullanılmaktadır.

ULTRA-TURRAX Homojenizatör; Bitkisel materyalin öğütülmesi, karıştırılması, dispersiyon haline getirilmesi amacıyla kullanılır, 500-10.000 rpm hız aralığına sahiptir.

HERAEUS Etüv; Çimlendirme, kurutma, sterilizasyon çalışmalarında kullanılır.

HERAEUS OVEN – Thermo Scientific ; 300 ̊C’ye kadar çıkabilen etüv çimlendirme, kurutma, sterilizasyon çalışmalarında, yüksek sıcaklıklarda materyallerin sterilizasyonunda kullanılır.

LICOR Fotosentez tayin cihazı; çeşitli fotosentez deneylerinde, karbondioksit asimilasyonu ve klorofilin floresan ölçümünde kullanılmaktadır.

GRANT-QBA2 Termal Isıtıcı ; Solüsyonların hazırlanmasında kullanlır.

TERMAL MİKSER & ISI, hot plate ısıtıcı karıştırıcı ; materyalin istenilen sürede ve istenilen sıcaklıkta tutulması sağlanırken, manyetik alan oluşturarak maddenin karışmasına da yardımcı olur.

IKA RCT Standart, hot plate karıştırıcı; Deneysel solüsyonların karıştırılarak hazırlanmasında kullanılır.

INFOLAB WTW pH metre; çeşitli solüsyonların asitlik düzeylerinin tayininde kullanılır.

WISEMIX UM-10 karıştırıcı ; Çözeltilerin çözünürlüğünü artırmak için karıştırılması amacıyla kullanılır.

EC135-90 Elektroforez cihazı; DNA, RNA ve protein moleküllerinin elektroforetik analizlerinde kullanılır. Yüklü moleküllerin bir elektrik alanı içinde yürütülerek ayrıştırılması prensibine dayanır.

THERMO SCIENTIFIC NANODROP 2000 Specttrophotometer ; RNA, DNA ve prteinler gibi çeşitli moleküllerin miktar tayini ve saflığın değerlendirilmesi analizlerinde kullanılır. Dilusyon gerektirmeyen çok yoğun örneklerde ve geniş konsantrasyon bandında, 0.5-2 mikrolitre örnek uygulamasıyla, 5 saniyeden daha az bir süre içerisinde hızlı ölçüm sağlayan, bütün spektrumlarda sonuç verebilen, çeşitli metodları içeren ve veri aktarımını sağlayan yazılım ile desteklenmiş bir sistemdir.

FAGUS Çeker ocak; Asitli çözeltilerin hazırlanmasında, zararlı buharın atılması amacıyla kullanılır.

ARÇELİK No-frost buzdolabıPERKIN ELMER GELIANCE 200 Imaging System ; Elektrforezde analizi yapılan protein ve nükleik asitlerin bant profillerinin incelendiği jel görüntüleme sistemidir. Geleneksel jel verilerinden güçlü kemiluminesans ve 2-D protein jel görüntü ve analizlerinin yapıldığı, 1.4 milyon piksel çözünürlüğe sahip, yüksek performanslı bir biyogörüntüleme sistemi olarak bütün floresan ve kemiluminesans uygulamalarda kullanılabilen, ethidium bromide, coomassie blue, silver stain, fluorescein, SYBR®Gold v.b. boyaları algılayabilen, Jeldeki DNA, RNA, Protein v.b. bantların görüntülenmesinde, DNA veya protein makroarrey gibi deneylerde yararlanılabilen bir cihaz olup, verilerin toplanması ve analizinde kullanılan işlevsel bir yazılıma sahiptir.

DENVER INSTRUMENT SI-234; Hassas terazi

SARTORIUS Hassas teraziler

SARTORIUS Dijital teraziler

SMEG Bulaşık makinası.

SIGMA 3-30K Ultrasantrifüj; 30.000 rpm düzeyinde araştırılan materyalin santrifüjü yapılabilir.

EPPENDORF CENTRIFUGE 5417R; 14.000 rpm’de soğutma gerektiren santrifüj çalışmalarında kullanılır.

NUVE NF200 Soğutmasız santrifüj.

HERAEUS INSTRUMENTS ; 10.000 rpm’de soğutmalı santrifüj

UV-1601 SHIMADZU UV-Visible Spectromether; çeşitli antioksidan enzimler, proteinler, klorofil, pigmentler gibi moleküllerin analizinde kullanılır.

RF-5000 Spectrofluorophotometer SHIMADZU; Poliaminler, petrol hidrokarbonları v.b. analizinde kullanılır.

NUVE çalkalamalı benmari; sıcak su banyosu olarak çeşitli sıcaklıklardaki inkübasyonlarda kullanılır.

ARÇELİK No-frost buz dolapları ve derin dondurucu; Çeşitli bitkisel materyaller ile DNA, RNA v.b. örneklerin saklanması amacıyla kullanılır.

ARISTON Deep-Freeze.

WISE BATH Sıcak su banyosu.

MagNA Lyser; DNA ve RNA ekstraksiyon cihazı; çeşitli materyallerden nükleik asitlerin izolasyonu çalışmalarında kullanılır. Nükleik Asit ve proteinlerin saflaştırılması, ekstraksiyonu veya analizi öncesinde numunelerin homojenize edilmesini sağlayarak daha sonraki aşamalarda yapılacak işlemleri kolaylaştırır. Her türlü biyolojik materyalin, çeşitli hücre ve dokuların parçalanması ve homojenize edilmesinde kullanılır. MagNA Lyser, içinde seramik boncukların bulunduğu “MagNA Lyser Green Beads” tüplerinin içindeki numuneler, cihazın çalışma sırasında yaptığı osilasyon hareketi ile parçalanarak homojen hale getirilir. Kullanılan materyalin özelliğine göre, farklı süre ve hız bilgilerinin cihaza girilmesiyle, farklı materyallerden etkin bir homojenizasyon yapılabilmektedir.

HEIDOLPH Evaporatör; bitkisel ekstrelerin hazırlandığı solventlerin uzaklaştırılmasında kullanılır. Standart distilasyondan, kompleks uygulamalara ve hatta otomatik distilasyona kadar pek çok durum için kullanılabilirler. Aşırı ısınmayı engelleyen dizayn sayesinde su banyosunun kuruması engellenir, kablolu uzaktan kumanda ile çeker ocak dışından kolay kullanıma sahip olup, vakum pompası, vakum kontrolü, ısı sensörü ve buhar tübü sistemine sahiptir. HEIDOLPH rotary evaporatör, standart distilasyon, kristalizasyon, ürün konsantrasyonu, toz kurutma, bir ya da çok sayıda solventin ayırımı amacıyla kullanılmaktadır.

WISETIS Homojenizatör; bitkisel materyalin toz haline getirilmesinde kullanılır.

CHRIST ALPHA 1-2 LD plus Freeze-dryer liyafilizatör

; donmuş biyolojik materyalden suyun ekstraksiyonu için kullanılır. Kurutma prosesinde -10 ̊C’nin altında ve vakum etkisiyle suyun buz formundan su formuna dönüşümüne izin vermeksizin doğrudan buhar fazına geçişi sağlanır. Suda kolay çözünebilen maddeleri elde etmek amacıyla kullanılır. Bu işlem ile kimyasal maddelerin çoğu kalitatif ve kantitatif olarak değişmeden kalabilir. Hatta denatüre olmayacak proteinler bile bu yöntemle kurutulabilir. bitkisel materyalin liyafilizasyonunda kullanılır. Biyolojik kökenli materyaller arasında çeşitli dokular, doku ekstraktları, bakteriler ve aşılar gibi bir çok materyal kurutulmuş toz formuna dönüştürülebilir. Proses esnasında enzimatik ve kimyasal değişiklikler meydana gelmez. Liyofilizasyon duyarlı dokuların ve doku bileşenlerinin biyolojik özelliklerini koruyan çok hassas bir işlemdir. Liyofilizasyon aynı zamanda, inorganik yüzey özellikleri değişmemesi gereken nanopartiküllerin dispersiyonunda da kullanılabilen en iyi metodtur. Cihazın toplam buz tutma kapasitesi 2,5 kg, Minimum kondenser sıcaklığı –55°C’dir. Rutin aplikasyonlar için uygun olup “LD plus “ model kontrol ünitelidir. Grafiksel LC göstergede kondenser sıcaklığı, proses zamanı, section zamanı ve vakum değeri gibi önemli proses datalar kolayca izlenebilir. Proses süresinin kısalması ve optimizasyonu için vakum kontrol edilebilir. Ürün sıcaklığı ve vakum datalarından buhar basıncı eğrisi datası izlenebilir. RS-232 çıkışı ve proses dökümantasyon yazılımı LyoLog LL-1 opsiyoneldir. 8 adet liyofilizasyon flaskları, geniş ağızlı filtreli şişeler, ampüller ve 3 ısıtmasız raflı kabinde viallerle çalışılması için uygundur. Ayrıca şişe kapatma sistemli 2 ısıtmasız raflı kabin (200mm çaplı)’e sahiptir.

Araştırma Grubu