Araştırma

"Güncelleniyor"

Botanik Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarları

Bitki Fizyolojisi ve Moleküler Analiz Laboratuvarı

Bitki metabolizma fizyolojisi, bitki büyüme ve gelişme fizyolojisi kapsamında molekül, hücre, doku, organ ve organizma düzeyindeki tüm süreç ve işlevleri bütüncül bir yaklaşımla  biyokimyasal ve moleküler açıdan inceleyip araştırma yapma ve analiz etme imkanı sunmaktadır. Araştırmalar, özellikle, bitki yetiştirme teknikleri, mineral beslenme, fotosentez, bitki metabolizması, bitki büyüme ve gelişimi üzerine bitki hormonları ve büyüme düzenleyicilerinin etkileri, çeşitli stres faktörlerine karşı verilen morfolojik, biyokimyasal ve moleküler yanıtların araştırılması üzerine odaklanmıştır. Tarım bitkilerinin verimini artıracak fonksiyonel mekanizmaları ve teknikleri araştırmak, tarım ve endüstri uygulamalarına yönelik öncü çalışmaları gerçekleştirmek isteyen öğrencilerimiz için tasarlanmış cihazların (Nanodrop, ELISA, jel elektroforezi, spektrofotometre) bulunduğu bir altyapıya sahiptir.

​



Bitki Doku Kültürü Laboratuvarı

Bitkiler, iklim ve çevresel koşulların sınırlamalarına bağlı kalmaksızın her mevsim uygun koşullar sağlanarak aseptik ortamda vejetatif olarak çoğaltılabilmektedir. Ülkemiz florasında 3500’ün üstündeki taksonla temsil edilen endemik bitki türlerinin ve tehdit altındaki bitki gen kaynaklarının korunması, çoğaltılması ve potansiyellerinin ortaya konarak ekonomiye kazandırılması hedeflenmektedir. Bitki doku kültürü yöntemleri ile endemik, nesli tükenmekte olan bitki gen kaynaklarının korunması, kültür ve süs bitkilerinin klonal çoğaltımı, hastalık etmenlerinden arınmış bitki eldesi, tıbbi ve aromatik bitkilerden sekonder metabolit üretimi, oksidatif stres ilişkili morfolojik, biyokimyasal ve moleküler karakterizasyon araştırmaları ve uygulamaları yürütülmektedir. Laboratuvarımız bünyesindeki deneyimli ve genç araştırmacılar, çeşitli işbirlikleri, kurum dışı veya kurum içi proje destekleri ile yüksek lisans/doktora tez araştırma faaliyetlerine devam etmektedir.


Mikroteknik Laboratuvarı

Biyoçeşitlilik, moleküler sistematik, bitki morfolojisi, morfometri, sitoloji, bitki sistematiği ve bitki anatomisi üzerinde çalışmalar yürütülmektedir. Laboratuvar bünyesinde çalışan öğretim elemanları ve lisansüstü öğrencileriyle German Research Foundation (DFG) Grant BL462/7 tarafından desteklenen bir proje ortaklığı ve çok sayıda BAP projesi tamamlanmıştır/yürütülmektedir. Leica Rotary Mikrotom, etüv, thermoshaker, vorteks gibi mikroteknik ve moleküler sistematikte kullanılan cihazlar bulunmaktadır. Mikroteknik Laboratuvarı çalışanları çok sayıda yeni türü keşfetmiş ve bilim dünyasına tanıtmıştır. Laboratuvar ayrıca T.C.Cumhurbaşkanlığı himayesinde yürütülen Resimli Türkiye Florası projesinin araştırıcılarını bünyesinde bulundurmaktadır. Bitki teşhisi, bitkisel materyalin tayini konusunda tüm kurumlara hizmet verilmektedir. Laboratuvar ve çalışanları ISTF’nin (İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Herbaryumu) yabancı ve yerli araştırıcılara hizmet vermesini de mümkün kılmaktadır. Laboratuvar bünyesinden bir adet ulusal patent tescili yapılmıştır (Geofit. Saksısı 2014/11353).


SEM (Scanning Electron Microscope) Görüntüleme Laboratuvarı

Mikromorfoloji ve fonksiyonel morfoloji alanında araştırmalar yürütülmektedir. Bu laboratuvarda üç boyutlu yüzey analizi, kromozom analizleri, mikroskobik ölçümler ve her türlü mikro görüntüleme gerçekleştirilmekte ve tüm kurumlara hizmet verilmektedir. Bitki, diş, implant, kumaş, metal, maden vb. farklı materyallerle de çalışılmaktadır. Laboratuvarda çeşitli mikroskoplar, üç boyutlu tarayıcılar, kameralar ve makro objektiflerle birlikte Zeiss AxioScope A1 Araştırma Mikroskobu ve Kameram Software v3.1.0.0.JEOlNeoscope JCM5000 Elektron Mikroskobu, Olympus SZX7 Araştırma Mikroskobu bulunmaktadır. Laboratuvar bünyesinde çalışan öğretim elemanları ve lisansüstü öğrencileriyle 116Z247 numaralı bir TÜBİTAK 1001 projesi tamamlanmıştır. Çok sayıda tez projesi çeşitli BAP projeleri tamamlanmış / devam etmektedir. SEM ve Görüntüleme Laboratuvarından bir adet ulusal patent tescili alınmıştır (2014/12232 Doğa Çekim Kiti).



Görüntüleme ve Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı  (Fitopatoloji Laboratuvarı)

TÜBİTAK-2232 Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı desteği ile Dr.Işıl Tulum’un proje yürütücülüğü ile Ekim, 2019 tarihinde kurulmuştur.  Laboratuvarın ana araştırma konuları, Mollicute ailesi bakterilerin ve bitki patojeni olan bakteri gruplarının nasıl oluştukları, hastalık yapma mekanizmaları, farklı yaşam tarzları arasındaki evrimsel geçişleri ve bakterilerdeki patojenliğin evrimini açıklamak için karşılaştırmalı genomik ve proteomik yaklaşımların yanı sıra patojen organizmaların ileri mikroskopi teknikleri ile gerçek zamanlı görüntülenmesi ve erken tanı sistemlerinin oluşturulması şeklinde özetlenebilir. Laboratuvarda aynı zamanda ekstrem mikroorganizmaların tanımlanması, mikroorganizmaların terapötik uygulamaları, biyosensör dizaynı, fitopatoloji, biyomühendislik ve sentetik biyoloji konularında da disiplinler arası ortak çalışmalar yürütülmektedir. Laboratuvar ulusal iş birliklerinin yanı sıra, Osaka City University (Japonya) ve The University of Tokyo (Japonya) ile uluslararası iş birliği projelerinde bulunmaktadır. Laboratuvarda, TÜBİTAK-2232 Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı kapsamında 5 doktora öğrencisi aynı zamanda İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi (BAP) tarafından desteklenmektedir. TÜBİTAK-2247 Stajyer Araştırmacı Burs Programı (STAR) dahilinde stajyer öğrenciler araştırmalarını sürdürmektedir.

​


Hesaplamalı Analiz Laboratuvarı 

Bilimsel soruları hesaplamalı yaklaşımlarla çözüm bulan laboratuvarımız, protein modelleme, hizalama matrisleri, protein-atom etkileşimi, de novo montajcılar (assemblers), bitki-patojen (viral-mikrobiyal) genom analizleri ve metagenomik analizler gibi geniş bir yelpazede hesaplamalı araştırmalara olanak tanır. İş istasyonları ve gelişmiş yazılımlarla donatılmış olan laboratuvarımız, bilimsel bilgiyi hesaplamalı analizlerle genişletmek isteyen araştırmacılar için ideal bir platform sunar. Burada, bitki bilimi ve moleküler biyoloji alanlarında bilgisayar destekli araştırmalar yapabilir ve bilimsel soruların yanıtlarını bulabilirsiniz.

​

Biyoteknoloji Laboratuvarı

Bitkilerde fonksiyonel genomik, karşılaştırmalı genomik, NGS teknolojileri uygulamaları ve bunların biyoinformatik analizleri, Crispr–Cas9 teknolojisi ile temel bilim çalışmaları, tarım, sağlık, endüstriyel ve çevresel faydalara yönelik geliştirilmiş bitkiler, biyoyakıtlar ve biyomalzemeler için genetiği değiştirilmiş bitkilerin ticarileştirilme uygulamaları, bitkilerin yeni ortamlara adaptasyonu, insan beslenmesine yönelik önemli olan bitki özelliklerinin iyileştirilmesinin moleküler, fizyolojik ve biyokimyasal çalışmaları yapmaya olanak sağlamaktadır. Laboratuvarımız İstanbul Teknik Üniversitesi, Marmara Üniversitesi, Yıldız Teknik Üniversitesi ve Koç Üniversitesi ile ortak projeler yürütülmektedir. Laboratuvarımız kısa ve uzun vadeli staj imkanı sunmaktadır. Yeni nesil gen düzenleme teknolojileri (Crispr–Cas9), bitki gelişiminin, bitki savunma mekanizmalarının, iç ve dış sinyallerin ve sirkadiyen ritm mekanizmalarının araştırılmasına yönelik yüksek lisans ve doktora tez çalışmaları sürdürülmektedir.  

​


RNA Biyolojisi Araştırmaları Laboratuvarı

Biyoloji ve tıp alanında özellikle son 50 yılda çok önemli gelişmeler yaşanmıştır. Elbette bu gelişmelerin birçoğu da çığır acıcı olmuştur. 2003 yılında sonuçları paylaşılan İnsan Genom Projesi (İGP) çığır acıcı olmasıyla beraber günümüz biyoloji ve tıbbını dönüştürmüş olması açısından da çok önemli bir yere sahiptir. İGP 1990-2003 yılları arasında yaklaşık olarak 15 yıl boyunca sürmüştür ve toplam 3 milyar dolara mal olmuştur. Bu derecede muazzam maddi kaynakla beraber farklı disiplinlerden bilim adamları bir araya gelerek birçok yeni deneysel metodun ve biyoinformatik analiz yönteminin uygulanması ve geliştirilmesine öncü olmuşlardır. Bu metot ve yöntemler ENCODE gibi İGP ardılı olan birçok büyük projede de geliştirilerek kullanılmıştır. Yeni nesil DNA/RNA dizileme metot ve yöntemlerindeki baş döndürücü gelişmelere paralel olarak biyoinformatik alanının şu an altın çağını yaşadığını rahatlıkla söyleyebiliriz. Günümüzde genom dizilemesi çok daha kısa sürede (1-2 hafta) ve çok daha ucuza (~2000 $) yapılabilmektedir. Bu analizlerin bu kadar hızlı ve ucuza yapılabilmesi biyolojide “big data science” yani “büyük veri bilimi” dediğimiz alanın gelişmesine katkıda bulunmaktadır. RNA Biyolojisi Araştırmaları Laboratuvarı olarak bu büyük biyolojik verinin analizi için makine öğrenimi de dahil çeşitli hesapsal metotlar kullanarak gerekli analiz yöntemlerini geliştirmekteyiz. Ayrıca çalışmalarımızda özellikle yeni nesil RNA-temelli terapötiklerin geliştirilmesine katkıda bulunuyoruz ve bunların hem moleküler düzeyde hem de hücre/organizma düzeyindeki rollerini tespit etmeye çalışıyoruz. Bunun için projelerimizde rutin olarak hesapsal biyoloji, moleküler biyoloji ve moleküler biyoteknoloji gibi farklı araçları ve yaklaşımları kullanıyoruz.


Hücre Kültürü Laboratuvarı

Toksisite analizlerinden yeni nesil RNA terapötiklerinin memeli hücre hatları üzerindeki etkisine kadar birçok farklı alanda uygulama yapılmaktadır. Burada elde edeceğimiz veriler ilerde yapılması planlanan in-vivo hayvan çalışmaları için büyük önem arz etmektedir.


Çevre Gıda ve Enstrümental Analiz Laboratuvarı

İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, TUBİTAK, TAGEM, İSTKA ve Sanayi Bakanlığı projeleri ile kurulan ve her geçen gün altyapısını güçlendiren laboratuvarımızda bitkilerde metabolomik, ağır metal toksisitesi, kirlenmiş çevrelerin fitoremediasyonu, bitki ve bitkisel ürünler ve gıda ürünlerinde çeşitli fizikokimyasal ve fitokimyasal analizler üzerine çalışılmaktadır. Laboratuvarımız gıda ve gıda katkılarında, yem ve yem katkılarında, kullanım suları ve hayvansal dokular üzerinde spektrofotometri, polarimetri, spektroskopi ve kütle spektrometri temelli analizler ve soxhlet, mikrodalga, ultrasonik ekstraksiyon sistemleri ile metot optimizasyonları; kjeldhal protein cihazı, viskozimetre, liyofilizatör, renk tayin cihazı, kül fırını gibi temel laboratuvar cihazları ile uluslararası standartlarda araştırma faaliyetlerine devam etmektedir. Laboratuvarımızın sunduğu staj imkanlarının yanında birçok farklı üniversite ile yürüttüğü ortak projeler ile çok sayıda yüksek lisans ve doktora tez çalışması da yürütülmektedir. 

​

Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Araştırma ve Geliştirme Laboratuvarı

Floramızda bulunan tıbbi ve aromatik bitkilerden Süperkritik CO2 ve özgün ekstraksiyon yöntemleri ile çalışmalar gerçekleştirilmektedir. Elde edilen ekstraklar “yeşil teknoloji” ile elde edildiğinden global düzeyde “yenilebilir” sağlık, gıda ve kozmetik alanında kullanılacak ürün ya da ürün hammaddesi olarak değerlendirilebilmektedir. Buna ek olarak, Süperkritik CO2 ekstraksiyon çalışmalarında uygulanan farklı parametreler sonucunda elde edilen ekstraktlarda, geleneksel ekstraksiyonlarda görülmeyen ve özellikle sağlık alanında etkili yeni bioaktif moleküllerin varlığı da saptanabilmektedir. Laboratuvarda elde edilen doğal antiviral, antibakteriyal, antikanserojen vb. özellikteki fenolik ve flavanoid maddeler ile özgün, yeni moleküllerin varlığının saptanması grubun temel amacını oluşturmaktadır.  Bu madde ve moleküllerin sağlık (kanser, obezite, siroz, otoimmün hastalıklar vb) etkilerini saptamada sağlık ve gıda alanında üniversite disiplinlerarası işbirlikleri bulunmakta ve AR-GE çalışmaları yürütülmektedir.


ISTF Herbaryumu: Bitkilerin Koruma ve Belgelenmesi

İstanbul Üniversitesi Herbaryumu Botanik Anabilim Dalında 1930'lu yılların sonlarına doğru, Alman botanikçi Prof.Dr.A.Heilbronn tarafından kurulmuştur. ISTF Herbaryumu resmi olarak 1 Ocak 1956'da Index Herbariorum adlı dizine kayıt olarak uluslararası bir herbaryum olarak tanınmıştır. Herbaryum, belirli bir disiplinle preslenip kurutularak (ya da alkol vb. fiksatiflerle sabitlenerek) kayıt altına alınmış oldukça zengin bir bitki, mantar ve alg koleksiyonunu bünyesinde barındırır. Çeşitli bitki türlerini içeren bu koleksiyonlar, bitki çeşitliliğini belgelemek için bilimsel araştırmalarda referans kaynak olarak hizmet vermektedir. Herbaryumda bulunan örneklerin bilimsel adları, nereden, kim tarafından hangi tarihte toplandıkları, kimin ya da kimlerin teşhis ettiği gibi bilgiler kayıtlıdır ve ulaşılabilirdir. Günümüzde, klasik herbaryum koleksiyonlarının yanısıra eşsiz koleksiyonun dijital ortama aktarılması çalışmaları devam etmektedir.


"Güncelleniyor"

Genel Biyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarları

1. Radyobiyoloji ve Biyolojik Dozimetri Laboratuvarı: Radyoterapi gören hastaların tedaviye verecekleri cevabın önceden bilinmesinde kromozom radyoduyarlığının rolü,  kromozom kararsızlığı ile kanser ve yaşlanma arasındaki ilişkinin anlaşılmasına yönelik araştırmalar ve biyolojik dozimetri çalışmaları yapılmaktadır.

2. Doku ve İmmünohistokimya Laboratuvarı: Laboratuvar hayvanlarında oluşturulan kanser, diyabet, hiperlipidemi gibi çeşitli deneysel modellerin incelenmesi, toksisite çalışmalarının yapılması, çeşitli antioksidanların ve ilaçların etkilerinin histolojik, immunohistokimyasal, moleküler ve biyokimyasal yöntemlerle araştırılması bu laboratuvarın çalışma alanlarıdır.

3. Hücre ve Tümör Biyolojisi Araştırma Laboratuvarları: Normal ve tümöral hücre soylarının in vitro olarak yetiştirilmeleri, hücre soylarına bitkisel, hayvansal kökenli ajanların veya ilaçların uygulanması ile hücrelerin büyüme kinetikleri, iyon kanalları ve metastatik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması, hücre kinetiği, toksisite, motilite invazyon, apoptoz deneyleri ile gen ekspresyon seviyeleri, immunosito/histokimyasal, radyobiyoloji ve moleküler biyoloji yöntemleri kullanılarak sürdürülmektedir.

4. Moleküler Kanser Biyolojisi ve Biyoenformatik Araştırma Laboratuvarı: Kanser dahil pek çok hastalığın tedavisinde kullanılan çeşitli ajanların ve bitki ekstrelerinin (endemik olan olmayan) hücre ve doku kültüründe in vitro sitotoksisite analizleri, hücre kinetiği parametrelerinden, Mitotik İndeks, İşaretlenme İndeksi ve Apoptotik İndeks değerleri, DNA hasar ve onarımı ile çeşitli hücre ölüm tiplerinin sinyal yolaklarının biyoenformatik ve moleküler  analizleri, apoptozun moleküler belirteçlerinden DNA fragmantasyonu tespiti ile bcl-2 gen ailesinin transkripsiyonel seviyede gösterimi ve radyo/kemo  duyarlılık çalışmaları sürdürülmektedir.

5. Radyoekoloji Laboratuvarı: Bu laboratuvarda denizel organizmalarda stresörlerin tekli ve birleşik (multistres) etkileri araştırılmaktadır. Deniz organizmaları laboratuvar şartlarında, hem iklim değişikliği kaynaklı stresörlere (okyanus asitlenmesi, ısınması ve hipoksi) hem de kirlilik kaynaklı stresörlere (kimyasal element, organik kirletici, radyonüklid ve mikroplastik) maruz bırakılarak sonuçta meydana gelen biyolojik değişiklikler incelenmektedir. Bu biyolojik değişikliklerin incelenmesinde radyoeokolojik, fizyolojik ve moleküler teknikler kullanılmaktadır.

6. Moleküler Radyobiyoloji ve Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarı: In vitro ortamda gama radyasyonu ile çeşitli abiotik stres faktörlerine (kuraklık, tuzluluk, herbisitler vb.) dirençli yeni bitki soyları geliştirilmekte bu geliştirilen mutant bitkilerin moleküler ve biyokimyasal analizleri yapılmaktadır.

7. Moleküler Radyobiyoloji ve Bitki Genomik Araştırma Laboratuvarı: IAEA tarafından desteklenen STRIGA kapsamında kurulan laboratuvarda çeltik ve buğday bitkilerinden haploid bitkilerin eldesine, bitkilerde ploidi ıslahı ile uçucu yağ gibi ekonomik ve tıbbi önemi olan ürünlerin artışına, çeşitli abiotik ve biyotik stres faktörlerine toleransı arttırılmış yeni bitki hatlarının geliştirilmesine yönelik çalışmalar yürütülmektedir.

Hidrobiyoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarları

Plankton Araştırma Laboratuvarı:​- Denizlerde ve tatlı su kaynaklarında bulunan plankton türleri ile bolluklarının belirlenmesi ve dijital görüntüleme sistemi ile kayıt altına alınması, 

- Müsilaja ve tek hücreli zararlı alg artışlarına (HAB) sebep olan plankton türlerinin araştırılması,

- Deniz sedimanında bulunan dinoflagellat kistlerinin teşhisi,

-  Biyomas belirlemede klorofil-a miktarının ölçülmesi,

- Sudaki askıda katı madde miktarının gravimetrik yöntem ile tayini,

- Kuru hava ile sterilizasyon ve kurutma,

- Santrifüj ile örneklerdeki katı ve sıvı maddelerin ayrıştırılması,

-  Ultrasonik su banyosu ile çeşitli kimyasalların çözülmesi ve bazı maddelerin temizlenmesi,

- Laboratuvar ortamında, örneklerin alkol veya formaldehit çözeltileri ile fiksasyonu,

- Diyatom früstüllerinin asit ile yakılarak hazırlanması ve daimi preparat haline getirilmesi,

- Biyotik ve abiyotik bileşenlere dayalı indisler ile su kalitesi analizi ve tayini gibi analizler gerçekleştirilmektedir.


Plankton Kültür Laboratuvarı

- Plankton türleri ile bolluklarının belirlenmesi ve dijital görüntüleme sistemi ile kayıt altına alınması, 

- Tek hücreli planktonik organizmaların laboratuvar ortamında kültüre alınması, 

- Müsilaja neden olan, zararlı alg aşırı artışlarına (HAB) neden olan türlerin izolasyonu ve kültüre alınması, 

- Biyoteknolojik ve ekonomik değeri yüksek plankton kültür koleksiyonlarının oluşturulması, 

- Deniz sedimanında bulunan dinoflagellat kistlerinin kültür ortamında vejetatif evreye dönüştürülmesi, 

- F/2 ve Johnson gibi planktonik organizmaların ihtiyacına uygun besiyerlerinin hazırlanması, 

- İnkübatör yardımıyla çeşitli sıcaklıklarda inkübasyon ortamının oluşturulması, 

- Laboratuvar ortamında, örneklerin alkol veya formaldehit çözeltileri ile fiksasyonu gibi kültür çalışmalarında önem arz eden araştırmalar yapılmaktadır.


Bentos Araştırma Laboratuvarı

- Deniz suyunun tuzluluk ve çözünmüş oksijen içeriğinin kimyasal titrasyon yöntemiyle ölçülmesi;

- Deniz suyunda bulunan çeşitli elementlerin spektrofotometrik yöntemle belirlenmesi;

- Sediment örneklerinde toplam organik karbon içeriğinin kimyasal titrasyon ile belirlenmesi; 

- Sediment örneklerinde toplam kalsiyum karbonat içeriğinin volümetrik olarak ölçülmesi; 

- Sediment örneklerinde toplam fosfor içeriğinin spektrofotometrik yöntemle belirlenmesi;

- Sedimentin çamur yüzdesinin saptanması;

- Sediment, omurgasızlar ile balıklarda mikroplastik ve ağır metal birikimlerinin belirlenmesi;

- Deniz ve lagün ekosistemlerinin bentik ve pelajik omurgasız faunalarının kalitatif ve kantitatif olarak belirlenmesi, dağılımlarının zamansal ve mekansal olarak araştırılması;

- Denizel bentik ve pelajik omurgasız yabancı türlerin belirlenmesi, endemik veya tehlike altındaki türlerin takibi; 

- Denizel bentik omurgasız organizmaların tür ve birey sayıları ile deniz suyu ve sedimanın abiyotik özellikleri arasında ilişkiler kurularak bentik ekosistemin değerlendirilmesi, ekolojik kalite durumlarının saptanması;

- Kirlilik, iklim değişikliği gibi baskılar sonucu gerçekleşen değişikliklerin deniz ortamı ve bentik omurgasız faunasına etkilerinin araştırılması ve kirlilik izleme (monitoring);

- Denizel omurgasız türlerin çeşitli baskılar altında enzim aktivitelerinin nasıl etkilendikleri;

- Denizel omurgasız türlerin filogenetik analizleri ve farklı bölgelerdeki popülasyonları arasındaki farkın moleküler seviyede araştırılması gibi birçok araştırma faaliyeti gerçekleştirilmektedir.


Balık ve Balıkçılık Araştırma Laboratuvarı

- Ülkemizin balık faunasının incelenmesi, endemik ve korunması gereken türlerin ortaya çıkarılması,

- Soyu tehlike altındaki Kıkırdaklı balık türleri ile ilgili koruma çalışmaları,

- Deniz Koruma Alanları Biyoçeşitlilik çalışmaları

- Balık türlerinin büyüme ve üreme biyolojilerinin araştırılması, tutulabilir en küçük balık boyunun ve yaşının saptanması,

- Balıkçılık faaliyetlerinde hedef dışı av ve canlı kommüniteler üzerine balıkçılık etkilerinin saptanması gibi birçok analiz gerçekleştirilmektedir.


Su Analiz Laboratuvarı

- Deniz suyunun tuzluluk ve çözünmüş oksijen içeriğinin kimyasal titrasyon yöntemiyle ölçülmesi, 

- NH4-N, PO4-P, Silikat-Si gibi besleyici elementlerin spektrofotometrik yöntemle belirlenmesi,

- NO2+NO3-N besleyici elementinin otoanalizör ile ölçülmesi,
- Pigment analizleri,
- Hücre ve doku ekstraktlarındaki protein, karbonhidrat ve lipid miktarlarının tayini,
- Biyolojik oksijen ihtiyacının (BOİ5) belirlenmesi,  Sudaki askıda katı madde miktarının gravimetrik yöntem ile tayini,
- Kuru hava ile sterilizasyon ve kurutma,
- Yüksek sıcaklıkta buhar basıncı ile sterilizasyon,
- Sediment örneklerindeki toplam organik karbon içeriği ve çamur yüzdesinin belirlenmesi gibi analizler gerçekleştirilmektedir.


Çevresel DNA (eDNA) Analiz Laboratuvarı

- Su ve sediment numunelerinden eDNA izolasyonları ve saflaştırılması,

- Canlı doku örneklerinden DNA izolasyonu, saflaştırılması ve PZR reaksiyonlarının gerçekleştirilmesi,

- Sucul organizmaların DNA dizilemeleri ile filogenetik analizlerin gerçekleştirilmesi,

- Su ve sediment örneklerinden çevresel DNA ile sucul biyoçeşitlilik tanımlanması ve mevcut taksonların belirlenmesi gibi alanlarda çalışmalar gerçekleştirilmektedir.


Denizel Biyoaktif Madde Araştırma Laboratuvarı

- SDS-PAGE analizi,
- Antimikrobiyal testler,
- Sitotoksisite analizi,
- Biyoaktif madde ekstraksiyonu,
- Biyopolimer ekstraksiyonu,
- Nanofiber yapımı için solüsyon hazırlama,
- İzotop analizleri için örnek hazırlama gibi analizler yapılmaktadır.


Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarları


Moleküler Biyoloji Araştırma Laboratuvarı

İn vivo ve in vitro çeşitli deneysel hastalık modellerinde ve insan hastalıklarında hücre ölüm, hasar ve onarım mekanizmaları moleküler düzeyde araştırılmaktadır. Bu laboratuvarda apoptoz, nekroz, otofaji, hücre çoğalması, doku rejenerasyonu, fibrozis, çeşitli büyüme faktörleri ve sitokinler ile ilişkili sinyal yolakları, glikobiyoloji: lektin-karbonhidrat etkileşimleri, nanobiyoteknoloji kapsamında hedefli kanser tedavi çalışmaları ve bazı moleküllerin antikanser aktiviteleri üzerinde moleküler çalışmalar yapılmaktadır. DNA ve RNA izolasyonu, analizi ve görüntülenmesi, gen ekspresyon analizleri: RT-PCR, in-situ hibridizasyon, çeşitli glikan saptama ve analiz yöntemleri, tekli ve çoklu immunohistokimyasal ve immunofloresan yöntemler, immunpresipitasyon, 1D- ve 2D protein elektroforezi ve western blotlama yöntemleri uygulanmaktadır.  Ayrıca, protein izolasyonu ve saflaştırılması, protein analizleri, enzim aktivitelerinin saptanması, oksidant/antioksidant parametreler, apoptotik ve nekrotik belirteçler, inflamatuvar ve anti-inflamatuvar ajanlar, çeşitli büyüme faktörleri ve sitokinlerin  hayvan ve insan doku homejenatları, hücre lizatları, kan, serum, plazma ve bronşoalveolar sıvı örneklerinde ELISA, spektrofotometrik, kolorimetrik ve elektroforetik metodlarla analizi yapılmaktadır.


Moleküler Biyoloji Anabilim Dalında 3 adet hücre kültürü laboratuvarı bulunmaktadır:

1. Primer ve Kök Hücre Araştırma Laboratuvarı

2. Translasyonel Biyoloji ve Nanobiyoteknoloji Araştırma Laboratuvarı

3. Moleküler Kanser ve Glikobiyoloji Araştırma Laboratuvarı

Primer ve Kök Hücre Araştırma Laboratuvarı

Laboratuvarımızda Türkiye'de ilk kez pankreatik beta-hücreleri izole edilmiş ve uzun süreli kültür uygulamaları ile tek hücre düzeyinde çalışmalar yapılmıştır. Diyabet hastalığında beta-hücrelerini etkileyen moleküler mekanizmalar hücre ölümü, hasarı ve onarım yolakları ekseninde araştırılmaktadır. Uzun yıllardır deneysel hiperglisemik ve diyabetik hayvanlardan izole edilen primer pankreatik beta-hücreleri ve pankreatik adacık kökenli progenitör hücreler ile in vitro çalışan araştırma grubumuz insan sağlığına yönelik terapötik yaklaşımlara temel katkı sağlamayı, temel ve klinik bilimler arasında köprü oluşturarak çalışmaların uygulamaya geçirilmesini hedeflemektedir.  Bu kapsamda 1 adet Avrupa patenti ile 3 adet ulusal patent alınmış ve çok sayıda yüksek etki değerlikli uluslararası dergide makale yayınlanmıştır. Hücre plastisitesinin Tip 2 diyabet ve pankreas kanseri gelişiminde pankreas, NAFLD/NASH gelişiminde karaciğer ve Alzheimer hastalığının patogenezinde beyin dokularındaki merkezi rolleri ve ilgili moleküler mekanizmalar TÜSEB ve TÜBİTAK destekli 2 adet ulusal ve 2 adet uluslararası dış kaynaklı proje kapsamında araştırılmaktadır.  Kök hücre biyolojisi araştırmalarının temel teknikleri olan FACS, MACS, qRT-PCR ve immunofloresans analiz yöntemlerinin yanı sıra çeşitli transkriptomik, epigenetik ve proteomik yöntemler kullanılmaktadır.

Translasyonel Biyoloji ve Nanobiyoteknoloji Araştırma Laboratuvarı

Laboratuvarda,  akut ve kronik akciğer hasarı ve onarımı, pulmoner fibrozis, miRNA ve LncRNA biyolojisi ve epiteliyal-mezenkimal geçişde rol oynayan mekanizmaları moleküler düzeyde araştıran translasyonel çalışmalar yapılmaktadır. Ayrıca, idiyopatik pulmoner fibrozis, pulmoner amfizem ve akciğer kanserinin patogenezi ve tedavisinde etkili moleküllerin ve yeni terapötiklerin keşfedilmesine odaklanılmıştır. Bu amaçlarla, çeşitli insan akciğer epitel ve mezenşimal hücre hatları üzerinde yapılan deneylerden elde edilen veriler, akciğer hastalıklı hayvan modelleri ve hastalardan alınan akciğer biyopsilerinden elde edilen verilerle karşılaştırılmaktadır.   TUSEB, TÜBİTAK ve BAP kaynaklı projelerimizde, transkriptomik, protein, siliko, moleküler ve biyokimyasal analizler ile hücre farklılaşması, hücre ölümü, hücre proliferasyonu, protein-protein ve protein-nükleik asit etkileşimleri, TGF-β ve Wnt sinyal yolları araştırılmaktadır. Bu çalışmaların sonucunda, 1 adet Avrupa patenti tescillenmiş,   birer adet Avrupa ve Ulusal patent başvurusu yapılmış ve uluslararası dergilerde makaleler yayınlanmıştır. İkili İşbirliklerimiz: İstanbul-Cerrahpaşa Üniversitesi,  Koç Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakülteleri, İstanbul Üniversitesi Eczacılık Fakültesi ve Kartal-Koşuyolu  Eğitim ve Araştırma Hastanesi.

Nanobiyoteknoloji kapsamında bening karakterli pankreatik beta-hücre tümörü olan İnsulinoma INS-1 hücrelerinde ve çeşitli agresif karakterdeki pankreas kanser hücrelerinde, hücreleri ölüme götüren maddeleri nano formulasyon ile hücrelere uygulayarak hedefli kanser tedavisini sağlamak için deneyler yapılmaktadır. Bu şekilde mevcut kanser tedavilerindeki yan etkileri minimuma indirgemek amaçlanmaktadır. İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa, İstanbul Üniversitesi ve Bezmialem Üniversitesi Eczacılık Fakülteleri ile yapılan çok sayıda ortak çalışma kapsamında sentez edilen nanoformülasyonlara yüklenen etken maddeler kanser hücrelerine uygulanmakta ve hücrelerde meydana gelen hücre ölümlerine ait moleküler mekanizmalar çalışılmaktadır. Bu alanda yapılan yüksek lisans çalışması ile de genç araştırmacıların tecrübe kazanması sağlanmaktadır. Ayrıca, hücreler arası protein, lipid ve nükleik asitleri taşıyan, hücreler arasında çok fazla göreve sahip doğal nanopartiküller olan eksozomlar ile de çalışılmaktadır. Primer ve Kök Hücre Araştırma laboratuvarımızda karakterizasyonları yapılan pankreatik adacık kökenli progenitör hücrelerden izole edilen eksozomlar ile de pankreas kanserinin tedavisine yönelik bir yüksek lisans tezi yapılmış, uluslararası bir dergide yayınlanmıştır ve bu kapsamda ileriye dönük projeler de planlanmaktadır.

Moleküler Kanser ve Glikobiyoloji Araştırma Laboratuvarı

Moleküler Kanser ve Glikobiyoloji Araştırma Laboratuvarında tiroid, meme, insulinoma, pankreas, hepatosellüler karsinoma gibi farklı tümöral hücre soyları kullanılarak kanser hücrelerinin proliferatif ve malignant karakterlerinin oluşmasında rol alan hücresel ve moleküler mekanizmaların yanı sıra, kanser terapisine katkıda bulunabilecek yeni molekül ve yaklaşımların geliştirilmesi amacıyla çeşitli çalışmalar sürdürülmektedir. 

Glikobiyoloji temelli kanser araştırmalarına yönelik lektin-karbonhidrat etkileşimleri ve bazı moleküllerin antikanser aktiviteleri üzerinde moleküler çalışmalar yapılmaktadır. Normal dokudan ve tümör dokusundan elde edilen hücre soyları kullanılarak çeşitli peptidlerin ve tirozin kinaz inhibitörlerinin antikanser aktiviteleri araştırılmaktadır. Bu bağlamda ilaç olabilecek çeşitli maddelerin keşfine yönelik ilk deneyler yapılmaktadır. Ayrıca kanser kök hücrelerinde epigenetik temelli değişliklerin belirlenmesine yönelik çalışmalar da sürdürülmektedir. Hücre çoğalması ve hücre ölümünün belirlenmesi, protein elektroforezi ve western blotlama, immünositokimya ve immünofloresan yöntemler, immunpresipitasyon, migrasyon ve invazyon deneyleri, hücre yüzey proteinlerinin akım sitometri ile analizi ile kanser kök hücre popülasyonun saptanması, hücre içi reaktif oksijen türlerinin ölçülmesi, histon modifikasyonlarının belirlenmesi, immünpresitasyon, gen ekspresyon analizleri: qPCR, in-situ hibridizasyon, çeşitli glikan saptama ve analiz yöntemleri,  DNA ve RNA izolasyonu, analizi ve görüntülenmesi, tümörojenik potansiyelin ölçülmesine yönelik sfer ve koloni oluşturma deneyleri yapılmaktadır.



Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarları

Mikrobiyoloji Araştırma Laboratuvarı

  • Yeni antimikrobiyal maddelerin keşfi
  • Mikroplastik biyodegredasyonu,
  • Yüksek performanslı beton iyileştirilmesi
  • Bakteriyel patojenite ve virülans faktörleri
  • Antimikrobiyal aktivite tayini 
  • Antimikrobiyal madde ve dezenfektan etkinlik (süspansiyon, biyofilm) çalışmaları Biyoremediasyon
  • Gıda mikrobiyolojisi
  • Mağara mikrobiyolojisi
  • Su mikrobiyolojisi (deniz, tatlı su, içme suyu, kullanma suyu)
  • Çevresel örneklerden özgür yaşayan amip ve çeşitli bakteri gruplarının kültürel yöntemler ile izolasyonu
  • Gıda ve çevresel örneklerden izole edilen bakterilerde antibiyotik ve ağır metal dirençliliği
  • İnsan yapımı su sistemlerinde heterotrofik biyofilmler ve dezenfeksiyonu
  • Yazma eserlerin mikrobiyolojik tahribatı
  • Sürdürülebilir mikrobiyal tarım uygulamaları

Anaerob Araştırma Laboratuvarı

  • Mikrobiyolojik olarak indüklenen korozyonun tespiti ve önlenmesi
  • Petrol Mikrobiyolojisi (bakteri izolasyonu, identifikasyonu ve biyoremediasyon)
  • Zorunlu anaerobik mikroorganizmaların izolasyonu ve identifikasyonu
  • Çevresel örneklerden özgür yaşayan amip ve fungusların moleküler yöntemler ile
  • identifikasyonu

Mikoloji

  • Aeromikrobiyoloji
  • Çevresel örneklerden fungusların kültürel yöntemler ile izolasyonu ve identifikasyonu Temel fungal enzimlerin taranması

Moleküler Mikrobiyoloji

  • Genomiks
  • Antibiyotik rezistom
  • Gıda, kinik ve çevresel örneklerden çeşitli bakteri, amip ve fungus gruplarının moleküler yöntemler ile identifikasyonu
  • Patojen bakterilerde virülans faktörlerinin genotipik olarak saptanması
  • Gıda, klinik ve çevresel örneklerden izole edilen bakterilerde antibiyotik ve ağır metal direnç genlerinin saptanması

​


​



​


"Güncelleniyor"



Hücre ve Doku Kültürü Laboratuvarı

İmmunositokimya Araştırma Laboratuvarı

Fizyoloji – Fizyopatoloji 1 Araştırma Laboratuvarı 

Endokrinoloji Laboratuvarı

Moleküler Zooloji Laboratuvarı

Sistematik Zooloji Laboratuvarı

Histoloji ve immunohistokimya Laboratuvarı ?